青岛文昌鱼遗传多样性的RAPD分析

摘要

文昌鱼作为脊索动物门头索动物亚门幸存物种,在中国主要分布在厦门、青岛等少数海域,被国家列为二级濒危保护动物,有重大的学术价值和一定的经济价值.因此,有必要对它的遗传背景进行详细的了解,为制定有效的保护措施提供科学的依据.该实验首次采用随机扩增多态DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)技术对青岛文昌鱼该群体雌雄各11条个体共22个样本进行遗传多样性检测.提取文昌鱼基因组DNA后经过预备性实验,优化PCR扩增反应条件,确定PCR反应参数.从40个10bp的寡聚核苷酸随机引物(OPC、OPA各20个)中筛选出17个扩增重复性好,条带清晰、特异性强、数量丰富的引物,对每个个体基因组DNA进行了扩增.得到RAPD产物的分子量在200-2200bp之间,产物总计127条谱带.其中,多态位点60个(占47.24％),单态位点67个(占52.76％).各引物检测到的RAPD位点数在4-11之间.计算其个体间遗传相似系数平均为0.8656,遗传距离平均为0.1344.平均杂合度为0.1165.表明青岛文昌鱼群体遗传多样性水平较低.在文昌鱼雌雄个体RAPD产物中,2个电泳图谱上均能读出明显的雌雄差异带.记录为OPC-07<,250>和OPC-12<,250>.估计可能与雄性文昌鱼具有异型性染色体有关.这与XY型性别决定机制相吻合.将11条文昌鱼雌性个体和11条文昌鱼雄性个体分别作为两个群体来研究.进一步筛选出11个引物对雌雄群体混合DNA样本进行扩增.结果表明:在个体间具有多态性的引物应用于雌雄群体混合DNA样本仍具有显著的多态性,且与个体间的多态性呈正相关.该实验为文昌鱼的研究和保护提供了分子水平的参考.

目录

文摘

英文文摘

缩略语

第一章文昌鱼遗传多样性研究综述

1.1生物遗传多样性的涵义

1.2文昌鱼遗传多样性研究的重要意义

1.3文昌鱼遗传多样性的研究方法

第二章青岛文昌鱼遗传多样性的RAPD分析

2.1实验材料用具

2.1.1文昌鱼

2.1.2主要试剂和仪器

2.2实验方法

2.2.1基因组DNA的制备

2.2.2 PCR反应条件的优化

2.2.3琼脂糖凝胶电泳

2.2.4随机引物的筛选

2.2.5数据记录与处理

2.3实验结果

2.3.1青岛文昌鱼的DNA多态性

2.3.2青岛文昌鱼性别的遗传差异

2.4讨论

2.4.1青岛文昌鱼的DNA多态性

2.4.2青岛文昌鱼的性别决定

总结

参考文献

附录

致谢