赤点石斑鱼种群遗传多样性研究

摘要

赤点石斑鱼是我国重要的经济鱼类和养殖的重要种类，由于过度捕捞和生境变化，资源量严重衰竭，加之其独特的生殖习性，其种质资源现状及其可持续利用前景令人堪忧。本研究以我国东海、南海的赤点石斑鱼野生群体为研究对象，采用多种分子标记技术对其群体遗传多样性和遗传结构进行了研究，以阐述其种质资源现状，为赤点石斑鱼遗传育种和渔业管理提供理论依据。 本研究共采集了我国东海和南海的赤点石斑鱼7个地理群体共88个个体，采用了线粒体DNA控制区、AFLP和微卫星三种分子标记研究赤点石斑鱼的群体遗传结构和群体遗传多样性。 1.对赤点石斑鱼控制区部分序列进行分析。赤点石斑鱼群体的单倍型多态很高，采用中性检验和核苷酸不配对分布分析了赤点石斑鱼的群体历史动态，分子方差分析和Fst的结果显示赤点石斑鱼在分布区内存在显著的种群遗传结构。 2.利用13对选择性引物对赤点石斑鱼群体遗传变异进行了AFLP分析，13对引物在7个群体中扩增出941个条带，7个群体的多态位点比例为18.40％～47.70％，Nei遗传多样性指数为0.0447～0.1429，Shannon多样性指数为0.0665～0.2141；分子方差分析和Fst的结果群体间遗传差异显著；检测到多条种群间特异性条带，可以作为种群鉴别的标志。 3.利用赤点石斑鱼的近缘种微卫星序列筛选建立了适合赤点石斑鱼的微卫星体系，研究了赤点石斑鱼群体在7个微卫星位点上的变异情况，在7个基因位点上共检测到45个等位基因，每个引物扩增出4～11个等位基因，平均每个引物获得6.4个等位基因，7个群体的观测杂合度(Ho)在0.2190～0.5079之间，预期杂合度(He)在0.3683～0.6689之间；7个群体间的遗传距离在0.0665～0.7093之间，两两群体间的Fst值在0.0048～0.2558之间，大部分群体间遗传差异显著。 线粒体DAN控制区、AFLP和微卫星结果表明赤点石斑鱼不同地理群体间存在不同程度分化，可划分为两个独立地理种群，三亚和湛江群体为一地理种群，其余群体为一个地理种群；与其他鱼类的多样性指数的比较分析显示赤点石斑鱼遗传多样性水平较低。

目录

文摘

英文文摘

声明

第一章前言

1.1遗传多样性及其研究方法

1.1.1遗传多样性

1.1.2遗传多样性的研究方法

1.2赤点石斑鱼的研究现状及本研究的目的意义

1.2.1赤点石斑鱼的研究现状

1.2.2本研究的目的与意义

第二章赤点石斑鱼群体遗传结构的mtDNA控制区序列分析

2.1材料与方法

2.2.1实验材料

2.2.2基因组DNA提取

2.2.3 PCR扩增

2.2.4 PCR产物纯化

2.2.5序列测定

2.2.6数据分析

2.3结果

2.3.1控制区序列变异

2.3.2系统发生关系

2.3.3群体遗传结构

2.3.4群体历史动态

2.4讨论

2.4.1赤点石斑鱼的遗传结构和遗传多样性

2.4.2赤点石斑鱼的历史动态

第三章赤点石斑鱼群体遗传多样性的AFLP分析

3.1实验材料与方法

3.1.1实验材料与DNA提取

3.1.2 AFLP扩增

3.1.3数据分析

3.2结果

3.2.1 AFLP扩增结果

3.2.2群体遗传变异

3.2.3群体遗传结构与遗传分化

3.3讨论

3.3.1种群遗传多样性

3.3.2赤点石斑鱼群体的遗传分化

第四章赤点石斑鱼群体遗传结构的微卫星分析

4.1材料与方法

4.1.1实验材料与DNA提取

4.1.2微卫星引物获得

4.1.4 PCR反应

4.1.5非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳与染色

4.1.6数据分析

4.2结果

4.2.1微卫星引物扩增结果

4.2.2群体遗传结构与遗传多样性

4.2.3群体间遗传分化

4.3讨论

第五章结论

参考文献

致谢

在学期间发表的论著