半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)基因组SNP标记的开发与检测

摘要

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)是我国重要的海水养殖鱼类,其主要经济性状多数属于数量性状(QTL),受到众多基因控制,拥有复杂的遗传机制,建立高密度的遗传图谱是精确定位这些QTL以进行选择育种的必要条件。单核苷酸多态性(Single Nuclcotidc Polymorphism,SNP)标记的出现,很好地解决了这一问题,SNP在基因组中的分布非常广泛,密度高,并且易于自动化分析,非常适合于建立遗传图谱,进行精确的QTL定位。但在半滑舌鳎中,SNP应用研究起步较晚,缺乏足够的SNP位点来构建遗传图谱或进行关联分析。本研究以半滑舌鳎为研究材料,探讨了半滑舌鳎SNP标记的开发及检测。
　　 以本实验室构建的半滑舌鳎雌鱼fosmid基因组文库部分克隆的双末端测序结果为基础,对52段半滑舌鳎基因组DNA序列进行PCR-SSCP分析,检测结果发现24段序列具有SSCP多态性,通过对多态性产物测序得到115个SNP位点,SNP频率为0.74％,其中包括转换型SNP 79个、颠换型SNP 36个,并未发现三态和四态SNP位点。
　　 根据SNP位点设计引物,通过半巢式的等位基因特异性聚合酶链式反应(AS-PCR)检测和验证,结果共有-17组引物得到了良好的分型结果。PCR产物经胶回收测序,测序结果表明,分型结果与测序分析结果完全一致。使用所有17组引物对野生半滑舌鳎群体进行AS-PCR分型检测,预期杂合度分布区间为0.097～0.508,观测杂合度分布区间为0.033～0.633,有效等位基因数分布区间为1.105～1.998;多态信息含量分析显示,该群体中8个位点为低度多态(PIC＜0.25),其余9个位点为中度多态(0.25＜PIC＜0.5);通过哈迪一温伯格平衡(HWE)和连锁不平衡检验(LD test),结果显示3个SNP位点差异显著(P＜0.05),偏离哈迪-温伯格平衡,其余14个位点均符合哈迪-温伯格平衡平衡,没有明显的连锁不平衡。

目录

文摘

英文文摘

第一章 文献综述

1.1 分子标记概述

1.1.1 遗传标记的定义及进展

1.1.2 分子标记的分类及应用

1.2 SNP的检测分型方法

1.2.1 直接测序

1.2.2 基于构象的SNP检测方法

1.2.3 基于酶切的SNP检测方法

1.2.4 基于杂交的方法

1.2.5 基于测序的SNP检测方法

1.2.6 基于等位基因特异性扩增的SNP检测方法

1.3 SNP在水产动物中的研究进展

1.4 本研究的目的和意义

第二章 半滑舌鳎基因组部分SNP位点的筛查

引言

2.1 材料与方法

2.1.1 鱼类样品采集

2.1.2 实验试剂、药品及仪器设备

2.1.3 主要试剂的配制

2.1.4 实验方法

2.2 结果与分析

2.2.1 基因组DNA提取情况

2.2.2 PCR-SSCP分析结果及SNP位点分析

2.3.3 包含SNP位点的序列的功能分析

2.3 讨论

第三章 利用AS-PCR技术进行SNP分型检测

引言

3.1 材料与方法

3.1.1 实验材料

3.1.2 实验药品及试剂

3.1.3 实验方法

3.2 结果与分析

3.2.1 SNP位点的AS-PCR验证

3.2.2 SNP位点的群体多态性分析

3.3 讨论

总结

参考文献

致谢