三种马铃薯Y病毒属病毒的分子特性

摘要

从河北、北京、山东泰安和潍坊等地的萝卜、大白菜、甘蓝、油菜上分离得到了8个芜菁花叶病毒(Turnipmosaicvirus，TuMV)分离物，测定了它们3′末端cDNA片段的序列。根据衣壳蛋白基因(coatprotein，CP)核苷酸序列可以将这8个分离物与本实验室得到的另外2个TuMV分离物分为3组：泰安旧镇大白菜(JZBC)、甘蓝(JZGL)和萝卜(JZLB)分离物为一组；北京萝卜(BJLB)、潍坊萝卜(WFLB)与引起萝卜红心病的TuMV分离物(WFLB99)为一组；泰安范镇、河北、潍坊(WFLB04)和泰安旧镇油菜(JZYC)的分离物为一组。与Genbank中其它分离物的衣壳蛋白基因核苷酸序列进行系统分析发现，本研究中的JZYC、FZLB、HBLB位于Basal-BR组，WFLB、BJLB位于Asian-BR组，JZLB、JZGL、JZBC位于World-B组。本研究首次发现中国有TuMVBasal-BR组分离物的存在。 从山东、河南、安徽、云南、甘肃、黑龙江等省的主要烟区采集样品，利用RT-PCR技术克隆到了29个马铃薯Y病毒(PotatovirusY，PVY)分离物3′-末端部分基因组，测定了其核苷酸序列，同时测定了其中25个分离物HC-Pro基因的核苷酸序列。与Genbank中85个PVY分离物CP基因核苷酸序列分析发现，这些分离物可以分为O、N及C三个组，在N组中还包括一个小的亚组NTN；O组中包括N∶O亚组。本研究中山东TX91、AQ1、MY60、F8，河南HN8，安徽A33等6个分离物位于N组中，其中TX91及AQ1位于NTN亚组；黑龙江H20、H18、H11，山东F4、MY55、MY59、Q23、ZC37、ZB3、ZB1、ZC39，安徽A26、A2、A5，河南HN6、HN10、HN43，甘肃G5、G14、G10、G1、G8、G15等23个分离物位于O组。根据69个HC-Pro基因的核苷酸序列分析表明可以分为两个组，山东MY55、F8，河南HN10，安徽A5、A33等位于一个组，山东AQ1、TX91、ZC37、ZC39、MY60、MY59、ZB1、ZB3，河南HN6、HN43、HN8，黑龙江H11、H20、H18，甘肃G15、G14、G5、G8、G1、G10等同在一个组；HC-Pro氨基酸聚类结果与在普通烟上能否引起坏死一致。结合CP的系统树与HC-Pro的系统树发现，位于CP系统树O组中的H20、H18、H11、ZC37、ZB3、ZB1、ZC39、HN6、HN43、G5、G8、G10、G14、G15转移到了HC-Pro的系统树的N组，这些分离物可能为N∶O株系；同时利用PHYLIPRO、RDP等软件分析发现本研究中的TX91、AQ1分离物为NTN株系。本研究中首次利用基因组序列分析对我国烟草上的PVY进行了株系划分，明确N∶O株系和NTN株系在我国烟草上的发生。 从山东、河南、安徽、云南等四省烟区得到了10个烟草脉带花叶病毒(Tobaccovein-bandingmosaicvirus，TVBMV)分离物，测定了其3′-末端1624个核苷酸序列，其中包括NIb624个核苷酸，CP816个核苷酸和3′-UTR184个核苷酸。对本研究中的10个分离物、本实验室先前得到的2个分离物及Genbank中的4个分离物同源性分析发现，不同分离物衣壳蛋白之间的核苷酸的同源性为89.5～99.6％，氨基酸的同源性为94.8～100％。经PHYLIP、CLUSTALX1.83、DNASTAR等软件分析发现，TVBMV可以分为四个组：云南的两个分离物(YN9、YND)属于一个组，国外的两个分离物(TN、SOL4)及中国台湾的X77637属于一个组，青州、淄博及安徽的分离物(Q39、ZB6、ZB14、A23)为一个组，河南的几个分离物(HN11、HN12、HN20、HN39、HNL1)及山东蒙阴(MY96)和陕西西安(Xi'an)的分离物为一个组。从系统树中发现分离物具有明显的地域性。利用重组分析软件RDP中的BOOTSCAN及SISCAN分析发现HN39分离物应为重组体。本研究丰富了Genbank中TVBMV的序列信息，并首次分析了TVBMV部分基因组的变异情况。

目录

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第一部分引言

第二部分芜菁花叶病毒不同分离物3′-cDNA片段的克隆及序列分析

第三部分中国烟草上马铃薯Y病毒的分子变异

第四部分烟草脉带花叶病毒3′末端基因组的克隆及序列分析

结论

参考文献

附录一

硕士期间发表的学术论文

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