E-钙粘附素序列模体分析

摘要

E-钙粘附素(E-cadherin，E-cad)是一种粘附分子，是细胞粘附素家族(Ca2+dependent cell adhesion molecule family)中的一员，主要介导细胞间同质粘附的钙依赖性跨膜糖蛋白，对维持正常上皮细胞形态和结构完整性起着重要作用。模体是蛋白质序列中的一段保守区域，保守性通常在进化过程中呈现，对研究蛋白质的功能起着重要作用。因此，通过对E-钙粘附素序列模体的特征分析来研究E-钙粘附素的结构和功能具有重要意义。本文中，利用搜索序列模体的方法找到了E-钙粘附素序列的功能模体。
　　为了更好地理解E-钙粘附素的粘附机理，本文从数据库Swiss-Prot提取了实验上已经确认的142条E-钙粘附素序列，利用InterPro、MEME、PROSITE等分析工具对序列一致性(identity)(序列之间完全相同的部分所占的比例)小于等于25％的E-钙粘附素序列进行模体搜索。通过InterPro确定了14条主要的功能模体，用MEME分析得到了50个模体，最终整合InterPro、PROSITE和MEME得到了特征模体。利用这些模体可以搜寻出蛋白质的结构特征，以及残留的约束配体和生物功能的活性部位，为理论研究和生物学实验提供了参考。

目录

声明

摘要

第一章 绪论

1．1 研究课题的背景和意义

1．2 国内外研究现状和进展

1．3 本文使用的蛋白质模体数据库与模体搜索工具

1．3．1 Swiss-Prot数据库

1．3．2 InterPro数据库

1．3．3 PROSITE数据库

1．3．4 MEME模体搜索工具

1．4 论文结构安排

第二章 E-钙粘附素序列数据集的建立

2．1 E-钙粘附素的概述

2．2 建立E-钙粘附素序列的数据集

2．3 建立E-钙粘附素数据集及序列相似性比对

第三章 E-钙粘附素序列模体特征分析

3．1 从InterPro中提取序列模体

3．1．1 对序列进行已知模体搜索

3．1．2 搜索到的频率较高的模体

3．2 从Prosite提取序列模体

3．3 模体频数统计

3．4 从MEME中提取序列模体

3．5 模体特征分析

第四章 总结与展望

4．1 全文总结

4．2 展望

参考文献

致谢