乳腺癌全基因组DNA甲基化修饰的研究

摘要

乳腺癌女性常见的恶性肿瘤之一。研究发现，DNA甲基化与乳腺癌关系密切，因此研究DNA甲基化在乳腺癌中的发生机制，获得有价值的乳腺癌生物学信息，对乳腺癌的临床治疗具有重要的指导意义。本文主要研究了乳腺癌细胞系中全基因组启动子区、第一外显子区、外显子区、内含子区的DNA甲基化，及其与基因表达之间的关系。通过与正常乳腺细胞系全基因组DNA甲基化比较，发现癌细胞系中DNA甲基化发生的变化，找出差异甲基化基因，并对其进行GO分析和KEGG通路分析。
　　研究结果发现，乳腺癌细胞系中四个功能区域的DNA甲基化水平发生了明显的改变，并且DNA甲基化水平与基因的表达水平的Pearson相关性说明了不同功能区域的DNA甲基化对基因表达既有正调控作用又有负调控作用;通过GO分析，我们发现了差异甲基化基因所参与的分子生物学功能;通过KEGG通路分析;发现了参与癌症通路的目标基因，并研究了在正常乳腺细胞系和乳腺癌细胞系中这些基因启动子区域的DNA甲基化分布，并推测某些重要基因的异常甲基化可能会导致的细胞调控机制紊乱和促进乳腺癌发生。这些结果可能有助于我们更深入地了解乳腺癌的发病机理。

目录

声明

摘要

第一章 绪论

1．1 研究背景与意义

1．1．1 DNA甲基化修饰

1．1．2 乳腺癌

1．1．3 DNA甲基化与乳腺癌的关系

1．2 研究内容与目标

1．3 论文结构

第二章 数据库和研究方法

2．1 数据库

2．1．1 数据库的概述

2．1．2 MeDIP-seq数据概述

2．2 研究方法

2．2．1 数据的选取和处理方法

2．2．2 算法

2．2．3 小结与讨论

第三章 乳腺癌细胞系DNA甲基化修饰分布特征

3．1 乳腺癌细胞系全基因组DNA甲基化修饰模式

3．1．1 人类全基因组四个功能区域DNA甲基化修饰模式

3．1．2 启动子区DNA甲基化修饰分布模式

3．2 讨论和小结

第四章 乳腺癌细胞系甲基化与基因表达的相关性

4．1 基因组四个功能区域DNA甲基化与基因表达的相关性

4．1．1 癌细胞系和正常细胞系的DNA甲基化修饰状态

4．1．2 四个功能区域的甲基化水平与基因表达的相关性

4．2 讨论与小结

第五章 差异甲基化分析

5．1 乳腺癌中差异甲基化基因GO分析和KEGG分析

5．1．1 乳腺癌细胞系差异甲基化基因的GO分析

5．1．2 乳腺癌细胞系差异甲基化基因的KEGG分析

5．2 讨论与小结

第六章 总结与展望

6．1 全文总结

6．2 工作展望

参考文献

致谢