应用高密度单核苷酸多态性芯片分析人类胰腺癌基因组异常

摘要

为了揭示胰腺癌发生的分子机制，提高早期诊断和提供治疗新方法，本文应用高密度的单核苷酸多态性分析芯片，研究25种胰腺癌细胞株基因组的基因扩增，缺失，以及杂合性缺失等染色体异常。 材料与方法： 一、材料 我们研究了25种人类胰腺癌细胞株，分别来自美国，目本和欧洲的细胞库。 其中16种(AsPC-1，BxPC-3，Capan-l，Capan-2，CFPAC-1，HPAF-Ⅱ，Hs 700T，Hs766T，PANC-1，Panc 02.03，Panc 03．27，Panc 05．04，Pane 08．13，Panc 10．05，SU．86．86，和SW 1990)是从美国American Type Culture Collection(ATCC，Manassas，VA)获得，5种(KP-1N，KP-2，KP-3，KP-4，and MIA PaCa-2)从日本的Japanese Collection ofResearch Bioresources(JCRB，Osaka，Japan)获得，KLM-1和NOR-P1来自日本的Institute of(Development，Aging and Cancer，Tohoku University，Japan．T3M-4和PSN1分别来自日本RIKEN BioResource Center(Tsukuba，Japan)和欧洲EuropeanCollection ofCell Cultures(ECACC，Salisbury，UK)。细胞在推荐的培养基中培养。二、主要试剂及仪器DNA提取试剂盒PUREGENE DNA Isolation Kit(Oentra Systems，Minneapolis，MS)。 SYBR Green PCR Master Mix(Applied Biosystems，Foster City，CA)试剂。 Affymetrix基因芯片系统包括Affymetrix全自动芯片洗涤工作站，Affymetrix高分辨率芯片扫描仪，Affymetrix杂交箱。 实时荧光定量PCR系统是ABI PRISM 7000 Sequence Detection System。 PCR仪是Applied Biosystems GeneAmp PCR System 9600． 三、芯片制作和分析从细胞株中提取DNA，用2种限制性内切酶XbaⅠ或HindⅢ消化，末端连接adapter后进行PCR。PCR产物片断化后，末端进行标志(labeling)，然后与Affymetrix公司的GeneChip<○R>Human Mapping 100K Mapping microarray上的探针杂交。检测基因芯片上的近100，000个的SNP探针的荧光信号，应用CNAG软件，分析胰腺癌基因组的扩增，缺失，以及杂合性缺失(LOH)。 四、芯片结果验证详细分析25种胰腺癌细胞的数据，筛选可能与胰腺癌发生和发展有关的基因，用PCR验证缺失，实时荧光定量PCR(Real Time-PCR)确认扩增。 结果： 染色体DNA片段扩增出现在2种以上细胞的共同扩增区域有23处。最小扩增区域为146kb。最普遍的扩增片段在12p12.1-12p11.23，出现在6种细胞株中。平均每个区域有4.87个基因。 其中，1q42.2-q42.3，2q36.3，3q25.1，5p15.2，10q23.32，11q21，13q22.2，19p13.12是新发现的区域。 二、染色体DNA片段纯合性缺失(honlozygous deletions)25种胰腺癌细胞株基因组中，发现并证实26个区域有DNA片段纯合性缺失，其中20个区域只有1个候选基因，4处有2个候选基因，2处有4个候选基因，平均每个区域有1.38个基因。最小纯合性缺失片段长度是6 kb，最普遍的片段在9p21.3，出现在11种细胞株中。 新发现了7个纯合性缺失片段，分别位于2q22.1，6q22.33，9q22.33，20p12.1，XP21.2)，Xp21.1，Xq2613。 三、杂合性缺失所有的肿瘤细胞都有不同程度的杂合性缺失，高频率的(50％以上)LOH出现在9p，18q，17p，8p，13q，6q，3p，6p，22q，9q，12q等处。最普遍的区域是在9p和18q，出现在22种细胞株中。 结论： 1、应用Affmetrix GeneChip<○R>Hmnan Mapping 100K基因芯片和分析软件CNAG，可以同时详细分析胰腺癌的基因缺失，扩增和LOH。 2、高密度的单核苷酸多态性芯片筛选出多处胰腺癌相关基因，表明多个基因参与了胰腺癌的发生，发展过程。 3、新发现的扩增和纯合性缺失以及杂合性缺失区域可能含有新的癌基因或抑癌基因，为今后的研究提供了新的线索和方向。

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中文论著摘要

英文论著摘要

英文缩略语

论文一 应用高密度单核苷酸多态性芯片分析胰腺癌细胞株基因组异常

前言

材料与方法

实验结果

一、胰腺癌细胞株基因组图谱附图1

一、胰腺癌细胞株基因组图谱附图2

二、25种胰腺癌细胞株基因组异常的集合图

讨论

结论

论文二 验证基因芯片实验数据并筛选胰腺癌相关基因

前言

材料与方法

实验结果

讨论

结论

本研究创新性的自我评价

参考文献

综述 基因芯片技术在消化系统肿瘤研究中的应用

在学期间科研成绩

致谢

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