两种绒山羊的Cytb基因和D-loop环序列多态性与系统进化研究

摘要

本实验利用线粒体DNA的两个基因：Cyt b基因和D-loop(控制区)序列对产绒量居全国第一的中国特有种质资源—辽宁新品系绒山羊和产绒质量居全国第一的内蒙古阿尔巴斯绒山羊的系统发生地位进行了探讨和研究。结果如下： (1) 本研究测定了10只辽宁新品系绒山羊和6只内蒙古阿尔巴斯绒山羊的线粒体Cyt b基因全序列。结果表明线粒体Cyt b基因全序列长度为1140bp。共检测到61个变异位点，占分析位点总数的5.35％，其中简约信息位点39个，占3.42％。单一突变位点15个。2个位点的插入(在653位和1092位)。 本实验测定的两种绒山羊都表现出较高的核苷酸多样性和单倍型多样性。辽宁新品系绒山羊和阿尔巴斯绒山羊的单倍型多样性分别为0.933±0.062和0.809±0.025，核苷酸多样性分别为(1.445±0.36)％和(1.419±0.84) ％。这些差异共定义了11种单倍型，其中辽宁新品系绒山羊有7种单倍型，阿尔巴斯绒山羊有4种单倍型。 基于Kimura两参数距离采用邻位相接法(NJ)法，构建羊亚科不同种羊的系统发生树。结合分子钟可以得出：这两种绒山羊与山羊各品种之间的差异不大；绵羊和盘羊的亲缘关系很近，不能把盘羊单独归类；没有明显的证据表明岩羊是从山羊属进化而来，还是从绵羊属进化来的。经过分子钟的计算，可以推测出，两种绒山羊与山羊属、绵羊属和岩羊属的的分歧时间分别为0.4～0.6万年、4.12～7.09百万年和3.15～6.27百万年。 (2) 实验测定了 mtDNA 中进化速度最快的D-loop区序列。10条序列中D-loop区序列全长为1212或1213bp。发现15个变异位点，占分析位点总数的1.24％。所有这些突变均为两核苷酸间的变异。 辽宁新品系绒山羊共有12次转换，阿尔巴斯绒山羊有7次转换，这些变异位点定义了5种单倍型，其中辽宁新品系绒山羊有4种单倍型，阿尔巴斯绒山羊有3种单倍型，分别的单倍型多样度是0.800±0.172和0.833±0.222，没有哪一种类型成为辽宁新品系绒山羊的主要单倍型。 基于Kimura两参数距离采用NJ法和ME法，构建羊亚科不同种羊的系统发生树。得到与细胞色素b基因相似的分子系统树。测定的所有羊种(亚种)分为三大类：山羊属(包括两种绒山羊)，岩羊属，绵阳属(包括盘羊)。

目录

文摘

英文文摘

声明

第一章文献综述

前言

1.1遗传标记

1.1.1遗传标记概述

1.2 mtDNA标记在家畜遗传多样性中的应用

1.2.1遗传多样性的概念及其意义

1.2.2 mtNDA在家畜遗传多样性研究中的应用

1.3本研究的目的意义

第二章两种绒山羊mtDNA细胞色素b基因序列的差异

2.1前言

2.1.1细胞色素b基因的结构、特点和应用

2.1.2本研究的目的意义

2.2材料与方法

2.2.1样品来源

2.2.2主要仪器设备

2.2.3主要试剂的配制

2.3实验方法

2.3.1基因组DNA的提取

2.3.2 DNA浓度和纯度的检测

2.3.3设计引物

2.3.4 PCR扩增

2.3.5 PCR扩增产物的凝胶电泳

2.3.6 PCR产物的回收

2.3.7产物的序列测定

2.4数据统计

2.5结果与分析

2.5.1绒山羊细胞色素b基因的扩增、回收纯化与测序

2.5.2绒山羊线粒体DNA细胞色素b基因序列变异

2.5.3用细胞色素b基因序列构建羊种(亚种)系统发育树

2.6分析和讨论

2.6.1绒山羊细胞色素b基因的变异

2.6.2羊的属间系统关系

2.7结论

第三章两种绒山羊mtDNA D-1oop环序列多态性与系统进化研究

3.1前言

3.2材料和方法

3.2.1样品采集和DNA提取

3.2.2D-loop基因的扩增、产物纯化和序列测定

3.3数据统计

3.4实验结果

3.4.1 D-loop基因的扩增、产物纯化和序列测定

3.4.2山羊线粒体DNA控制区序列变异

3.4.3系统发育关系及分子系统树的构建

3.5分析和讨论

3.6结论

参考文献

致谢

附录