文蛤线粒体基因组序列测定及进化分析

摘要

文蛤(Meretrix meretrix)属软体动物门(Mollusca)、双壳纲(Lamellibranchia)、异齿亚纲(Heterodonta)、帘蛤目(Veneroida)、帘蛤科(Veneridae)、文蛤属(Meretrix)。文蛤是一种天然资源丰富的滩涂贝类,具有较高的营养和药用价值,是重要的海水增养殖优良品种,也是主要出口的鲜活水产品之一。本研究采用PCR扩增和基因克隆等常规分子生物学手段,并结合生物信息学方法对文蛤线粒体基因组全序列进行测定与分析。同时,探讨了双壳类线粒体基因的重排,采用NJ和MP法构建了双壳类的系统进化树。所获得的主要结论如下:
　　 1.本研究所测定的文蛤线粒体基因组全序列长度为19,826bp,编码37个基因,包括2个rRNA基因、23个tRNA基因和12个蛋白质编码基因,所有的基因都由H链编码。与典型的后口动物相比,缺失了ATP8。
　　 2.文蛤线粒体起始密码子包括ATG、ATA和TTG,终止密码子包括TAA和TAG。
　　 3.文蛤mtDNA编码23个tRNA,长度在62 bp到71 bp之间,二级结构保守,全部能够折叠成典型的三叶草结构。缺少tRNASer(AGN),但含有两个tRNAGhn的拷贝,这在双壳类中是首次发现。
　　 4.比较分析了双壳类线粒体基因的重捧,在帘蛤科内,菲律宾蛤仔与文蛤和中华文蛤在基因排列上共享3个基因框:5’-COI-tRNALeu(CUN)-ND1-ND2-ND4L-tRNAne-3’,5’-COII-tRNAPro-Cytb-16S rRNA-ND4-tRNAHis-tRNASer(UCN)-ATP6-ND3-ND5-3’,and5’-tRNAAsn-tRNAThr-3’。
　　 5.应用ClustalX1.83和Mega4.0采用NJ法和MP法构建双壳纲系统进化树。所有物种分成4支,牡蛎科和扇贝科聚为一支；贻贝科和蚌科各自聚为一支；帘蛤科的三个物种聚为一支,置信度为100；然后和鸟蛤科聚为一支。

目录

文摘

英文文摘

引言

1 文献综述

1.1 线粒体基因组研究进展

1.1.1 线粒体及线粒体基因组的发现

1.1.2 线粒体基因组结构特征及组成

1.2 线粒体基因组DNA研究趋势

1.2.1 线粒体基因组DNA在分子系统学研究中的应用

1.2.2 mtDNA在系统学研究中的应用方法

1.2.3 母系演化的研究

1.2.4 线粒体其他方面的研究

1.3 文蛤概述及双壳纲线粒体基因组的研究现状

1.3.1 文蛤概述

1.3.2 壳纲线粒体基因组研究现状

1.4 本研究目的和意义

2 材料和方法

2.1 试验材料

2.1.1 样本的采集与保存

2.1.2 实验仪器与试剂

2.2 实验方法

2.2.1 总DNA的提取

2.2.2 PCR扩增检测及纯化

2.2.3 PCR扩增产物测序

2.3 序列的拼接与注释

2.3.1 测序结果的片段拼接与组装

2.3.2 线粒体基因组序列的基因定位与注释

2.3.3 文蛤线粒体基因组组成、基因重排分析及系统进化树的构建

3 结果分析与讨论

3.1 文蛤总DNA提取与PCR扩增结果

3.1.1 文蛤总DNA提取结果

3.1.2 PER扩增结果

3.2 文蛤线粒体基因组结构与进化分析

3.2.1 文蛤线粒体基因组基本情况

3.2.2 线粒体进化分析

3.3 讨论

3.3.1 PCR实验条件优化

3.3.2 进化树的构建

3.3.3 线粒体DNA作为分子标记的可靠性分析

结论

参考文献

论文发表情况

致谢