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声明
1.1生物序列研究的背景,理论意义及应用价值
1.2生物序列的图形表示的产生,发展和研究概况
1.3本文的主要工作
2 DNA序列的几何图形表示及相似性分析
2.1引言
2.2 DNA序列的几种几何图形表示
2.3生物序列的比较和相似性分析
2.4图形表示应用于序列相似性分析的矩阵不变量方法
3.1引言
3.2曲率在生物序列相似性比较中的应用
结论与展望
附录:分子生物学的部分名词
参考文献
攻读硕士学位期间发表学术论文情况
致 谢
汪挺松;
大连理工大学;
DNA序列; 相似性分析; 图形表示; 曲率;
机译:密码子的挥发性及其在生物序列相似性分析中的应用
机译:一种新颖的二维图形表示及其在蛋白质序列相似性/不相似性分析中的应用
机译:序列分割法在长蛋白序列相似性分析中的应用
机译:SimSearch:一种基于距离序列的动态规划新变种,可用于生物序列中的最佳和近乎最佳相似性发现
机译:支持生物学序列相似性分析的扩展数据库系统的设计和实现。
机译:转录组分析为三种紫杉属物种中几种紫杉醇生物合成相关基因的表达模式和序列相似性提供了见识
机译:图4:(a)一种保守序列,其发生在芯片-SEQ数据集中的46,264个结合位点峰值中的79倍。说明了这种保守序列的突变分布,其中'_'表示该碱度不变; del表示此基础丢失; INS X表示新的基础X插入此基础前面。 (b)列出了几种重复的元素模式。 (c)在第一栏中,示出了由MEME芯片工具(Machanick&Bailey,2011)开采的前五个DNA主题。由CFSP算法发现的相应保守序列列于第二列中。在第三列中,列出了从突变信息转换的特定位置的评分矩阵。 MEME主题与PSSM格式的相似性与PSSM格式之间的相似性通过邮票图章比较工具(Mahony&Benos,2007)计算。这些对相似性的电子值显示在第四列中。 (d)在由GKMSVM描述符聚集的每个组中选择了一个图案,下面列出了CFSP算法的相应主题。 (e)从https://www.encodeproject.org收集的,有附加数据集(文件no:cernff100grl,cenf616irl,conf8.20cer,target:srebf1)。使用MEME工具在每个文件中选择前两个图案,并且我们的算法发现的相应主题如下所示。
机译:开发用于分析海洋微生物群落的基因组代理微阵列及其在加利福尼亚州蒙特利湾的时间序列中的应用
机译:具有序列相似性19的抗家族成员A5抗体在治疗和诊断情绪异常中的应用
机译:具有序列相似性19的抗家族A5抗体在神经痛治疗中的应用
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