Zyxin基因外显子SNP位点与京海黄鸡群体部分生产性能及肉品质的相关性研究

摘要

Zyxin基因定位于红色原鸡1号染色体，该蛋白为锌脂结合的磷蛋白，可以在富含肌动蛋白的粘着斑结构中集聚，并顺着肌动蛋白骨架移动，通过和其它蛋白的协同可以影响细胞的运动、肿瘤细胞的生长和迁移以及调节有丝分裂的进行，并在细胞核中起转录激活子的作用。它是一种具有细胞骨架肌动蛋白调节功能的胞内蛋白，在创伤修复、细胞迁移、细胞粘附、上皮间质转化期间斑联蛋白起到重塑肌动蛋白细胞骨架的作用。研究还表明zyxin基因的SNP多态性与鸡球虫感染后NO的含量有重要影响，是鸡球虫病抗性的重要遗传标记。本研究采用PCR-SSCP和测序的方法检测了京海黄鸡(J×J)（选J×J群体配套系B×J为对照）zyxin基因9个外显子单核苷酸多态性，并用检测到的SNP分析J×J群体的群体遗传特征以及与相关性状的关联分析。结果如下:
　　 Zyxin基因的9个外显子12对引物中，P1、P3A、P6、P9C均检测到了三种基因型，统计分析表明P3A，P6偏离Hardy-Weinberg平衡状态。
　　 2.PCR-SSCP检测发现在Zyxin第1外显子的152bp处存在一个C/T突变，导致该位点的氨基酸由亮氨酸变为苯丙氨酸(Leu-Phe);第3外显子375bp处T/G为无义突变;第6外显子130bp处G/T突变，氨基酸由甘氨酸变为半胱氨酸(Gly-Cys);第9外显子的966bp处G/A突变，氨基酸由甘氨酸变成丝氨酸(Gly-Ser)。
　　 3.Zyxin基因引物P1位点，无论公鸡还是母鸡，均是BB基因型体重高于其它基因型。公鸡BB基因型腹脂肪重、屠宰率等性状高于其它基因型。推测:BB型基因与J×J群体体重和屠体性状呈正相关。
　　 4.Zyxin基因引物P3A位点，无论公鸡还是母鸡，AA基因型在各阶段体重性状上均优于其它基因型。推测:AA基因型与J×J群体体重呈正相关。
　　 5.Zyxin基因引物P6位点，4到16周J×J群体公母鸡群体体重，BB基因型表现优于其它基因型。大多屠体性状表现趋势为BB型＞AA型＞AB型。总的说来，BB基因型可能与J×J群体体重和屠宰性状呈一定正相关。
　　 6.Zyxin基因引物P9C位点，J×J群体无论公母，AA基因型在各阶段体重性状上均优于其它基因型。公鸡的胸肌重AA型显著高于AB型。母鸡的活重和屠体重AA型显著高于BB型。总体而言AA基因型各阶段体重和屠宰性能表现较优。
　　 7.Zyxin各位点与B×J母鸡屠宰性能均无显著相关，公鸡中P1仅头重BB基因型显著高于AB型;P3A胸肌率AB基因型显著高于AA型;P6胸肌率AA型显著高于其它各型，腿肌率AB型显著高于AA型;P9C在公鸡群中，活重，肝重，腿肌重，腿骨重BB型显著高于AB型。表现出的差异可能与群体特性有关，尚需要进一步实验探明。
　　 8.Zyxin仅P1位点对J×J群体公鸡的胸肌失水率和B×J群体母鸡胸肌肉色有显著的影响，P3位点对J×J群体母鸡的腿肌失水率和B×J群体母鸡胸肌肉色有显著相关，zyxin对J×J和B×J群体的其它肉品质性状没有显著影响。

目录

论文说明

1 文献综述

1．1 家禽育种技术的发展进程

1．2 国内外家禽育种的目标

1．3 提高家禽生产性能和抗病性的新技术

1．3．1 鸡QTL定位研究

1．3．2 DNA指纹(DFP)

1．3．3 限制性片段长度多态性(RFLPs)

1．3．2 基因芯片技术——鸡生产性能差异表达基因的筛选

1．3．4 单核苷酸多态性(SNPs)

1．4 主要的与抗性有关的基因

1．4．1 主要组织相容性复合体(MHC)

1．4．2 NRAMP1基因

1．4．3 干扰素基因

1．4．4 zyxin(斑联蛋白)基因

1．5 鸡肉品质的相关研究

1．6 斑联蛋白(zyxin)基因的功能及作用

1．7 论文研究的目的意义

2 材料与方法

2．1 试验动物及生产、屠宰及肉品质性能的测定

2．2 主要仪器、药品和分析软件

2．2．1 仪器和药品

2．2．2 分析工具软件

2．3 鸡血液基因组DNA的提取

2．4 Zyxin基因PCR-SSCP检测

2．4．1 引物设计

2．4．2 最佳PCR反应条件和反应体系的建立

2．4．3 SSCP检测和测序分析

2．5 遗传学统计分析

3 结果与分析

3．1 zyxin基因的SSCP多态检测结果

3．2 测序与分析

3．3 各引物PCR产物直接测序结果同源性比较

3．4 zyxin基因多态位点基因频率和基因型频率及适应性检验

3．4．1 zyxin基因多态性位点(引物P1)的基因频率和基因型频率及适应性检验

3．4．2 zyxin基因多态性位点(引物P3A)的基因频率和基因型频率及适应性检验

3．4．3 Zyxin基因多态性位点(引物P6)基因频率和基因型频率及适应性检验

3．4．4 zyxin基因多态性位点(引物P9C)基因频率和基因型频率及适应性检验

3．5 Zyxin基因外显子SNP与J×J群体体早期周体重的关系

3．5．1 Zyxin基因引物P1与J×J群体体重的关系

3．5．2 zyxin基因引物P3A与J×J群体体重的关系

3．5．3 zyxin基因引物P6与J×J群体体周体重的关系

3．5．4 zyxin基因引物P9C与J×J群体体周体重的关系

3．6 Zyxin基因与J×J群体屠宰性能的关系

3．6．1 Zyxin基因引物P1与J×J群体屠宰性能的关系

3．6．2 zyxin基因引物P3A与J×J群体屠宰性能的关系

3．6．3 Zyxin基因引物P6与J×J群体屠宰性能的关系

3．6．4 Zyxin基因引物P9C与J×J群体屠宰性能的关系

3．7 Zyxin基因与J×J群体肉品质性状的关系

3．7．1 zyxin基因引物P1与J×J群体肉品质的关系

3．7．2 zyxin基因引物P3A与J×J群体肉品质性状的关系

3．7．3 zyxin基因引物P6与J×J群体肉品质性状的关系

3．7．4 zyxin基因引物P9C与J×J群体肉品质性状的关系

3．8 zyxin与B×J群体屠宰性状的关系

3．8．1 zyxin基因引物P1与B×J群体屠宰性状的关系

3．8．2 Zyxin基因引物P3A与B×J群体屠宰性状的关系

3．8．3 Zyxin基因引物P6与B×J群体屠宰性状的关系

3．8．4 zyxin基因引物P9C与B×J群体屠宰性状的关系

3．9 zyxin与B×J群体肉品质性状的关系

3．9．1 zyxin基因引物P1与B×J群体肉品质性状的关系

3．9．2 zyxin基因引物P3A与B×J群体肉品质性状的关系

3．9．3 Zyxin基因引物P6与B×J群体肉品质性状的关系

3．9．4 Zyxin基因引物9C与B×J群体内品质性状的关系

4 讨论

4．1 Zyxin基因多态性与群体遗传学分析

4．1．1 J×J群体中zyxin基因遗传多样性

4．1．2 群体遗传学分析

4．2 Zyxin基因多态性与J×J群体周体重和屠宰性能的关系分析

4．2．1 引物P1位点与各周龄体重和屠宰性能的关系

4．2．2 引物P3A位点与各周龄体重和屠宰性能的关系

4．2．3 引物P6位点与各周龄体重和屠宰性能的关系

4．2．4 引物P9C位点与各周龄体重和屠宰性能的关系

4．3 Zyxin基因与J×J群体肉品质性状的关系

4．4 Zyxin与B×J群体屠宰性状和肉品质性状的关系

4．4．1 Zyxin基因引物P1位点与B×J群体屠宰性状和肉品质性状的关系

4．4．2 Zyxin基因引物P3A位点与B×J群体屠宰性状和肉品质性状的关系

4．4．3 Zyxin基因引物P6位点与B×J群体屠宰性状和肉品质性状的关系

4．4．4 Zyxin基因引物P9C位点与B×J群体屠宰性状和肉品质性状的关系

5 结论

参考文献

致谢

研究生学习期间发表的论文(著)：

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