几种石莼目大型海洋绿藻的系统发育分析

摘要

实验测得了孔石莼，浒苔，格式礁膜的rbcL基因；孔石莼，浒苔，格式礁膜5.8S rRNA基因；孔石莼，浒苔，宽礁膜18S rRNA基因；浒苔,格式礁膜ITS基因。通过基因序列分析多种石莼目绿藻分子系统发育关系。序列数据经ClustalX1.8软件排序后，采用MEGA2.软件根据Kimura’s双因子法计算遗传距离，并应用邻接法和最大简约法构建系统树，Bootstrap法(1000次重复)评估分支可信度。将5.8S rRNA基因、18S rRNA基因、ITS基因和rbcL组合起来，分析了多种大型绿藻的系统发育关系。 系统地讨论了海藻DNA提取，建树方法的选择，石莼属和浒苔属的发育关系，缘管浒苔的分类地位，浒苔的分类地位，扁浒苔和肠浒苔的关系，礁膜、宽礁膜和格式礁膜三者之间的亲缘关系，袋礁膜、格氏礁膜和北极礁膜之间的亲缘关系。认为石莼属和浒苔属不是严格区分的，缘管浒苔和浒苔都应并入石莼属，条浒苔和肠浒苔是两个不同的种，格式礁膜和袋礁膜是同一个物种，袋礁膜和北极礁膜是不同的种。

目录

文摘

英文文摘

声明

前言

1分子系统学研究概况

1.1分子系统学的形成及其发展简史

1.2分子系统学常用的研究方法及其应用

2植物分子系统学

2.1植物分子系统学的发展简史

2.2植物分子系统学的研究特点

2.3数据分析方法

3海藻分子系统学研究概况

3.1大型海藻DNA的提取

3.2随机扩增多态性标记(RAPD)

3.3限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)标记

3.4微卫星标记(SSR)

3.5简单序列重复区间扩增多态性(Inter Simple Se-quence Repeat,ISSR)

3.6扩增限制性片段长度多态性(AFLP标记)

3.7单链构象多态性(SSCP)

4核酸序列分析

4.1 18S rRNA

4.2内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)

4.3 1，5二磷酸核酮糖羧化酶(Rubisco)大、小亚基

5大型海藻分子系统学发展趋势

6本研究的背景和意义

第一章用rbcL序列探讨8种石莼目绿藻分子系统发育

1材料与方法

1.1材料来源

1.2 DNA的提取

1.3 PCR扩增和序列测定

1.4数据分析

2结果与分析

2.1rbcl基因序列

2.2rbcL基因序列分析

2.3遗传距离和核苷酸序列间的差异

2.4系统发育分析

第二章用5.8SrRNA序列探讨8种石莼目绿藻分子系统发育

1材料与方法

1.1材料来源

1.2 DNA的提取

1.3 PCR扩增和序列测定

1.4数据分析

2结果与分析

2.1 5.8SrRNA基因序列

2.2 5.8SrRNA基因序列分析

2.3遗传距离和核苷酸序列间的差异

2.4系统发育分析

第三章用18s rRNA序列探讨8种石莼目绿藻系统发育

1材料与方法

1.1材料来源

1.2 DNA的提取

1.3扩增前样品DNA完整性、浓度和纯度的测定

1.4 PCR扩增和序列测定

1.5数据分析

2结果与分析

2.1 18s rRNA基因序列

2.2 18SrRNA基因序列分析

2.3遗传距离和核苷酸序列间的差异

2.4系统树发育分析

第四章用ITS1、5.8SrRNA、ITS2序列探讨11种石莼目绿藻分子系统发育

1材料与方法

1.1材料来源

1.2 DNA的提取

1.3扩增前样品DNA完整性、浓度和纯度的测定

1.4 PCR扩增和序列测定

1.5数据分析

2结果与分析

2.1 ITS、5.8SrRNA、ITS2基因序列

2.2基因序列分析

2.3遗传距离和核苷酸序列间的差异

第五章通过18SrRNA-ITS1-5.8S rRNA-ITS2和rbcL基因组合分析8种石莼目绿藻分子系统发育

1遗传距离

2系统发育分析

讨论

参考文献

致谢