三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列测定与分析

摘要

新城疫是由新城疫病毒引起的主要侵害禽类的一种急性、热性、高度接触性传染病。该病是全球范围内最严重的禽类传染病之一，严重威胁养禽业的发展。其病原新城疫病毒是有囊膜的单股负链RNA病毒。病毒基因组全长15Kb，包含六个串联排列的基因，依次为3'-NP-P-M-F-HN-L-5'，分别编码核衣壳蛋白(NP)、磷蛋白(P)、基质蛋白(M)、融合蛋白(F)、血凝素-神经氨酸酶(HN)和大分子蛋白(L)。
　　 本研究根据GenBank上已公布的新城疫病毒的全基因组序列设计10对引物，分别以安徽凤阳新城疫病毒鸡源分离株WF00C、鸭源分离株WF00D及鹅源分离株WF00G的基因组RNA为模板，通过RT-PCR的方法扩增出各目的片段，与pMD18-T载体连接后转化到感受态细胞DH5a，挑取PCR鉴定正确的阳性克隆送公司测序。用DNASTAR软件对测序结果进行拼接，得到了WF00C、WF00D及WF00G的全基因组序列，并从全基因组序列同源性、基因组结构、np基因末端的核苷酸序列、各基因遗传进化情况、各基因核苷酸及氨基酸序列同源性、Leader序列和Trailer序列同源性等方面对WF00C、WF00D、WF00G及其它NDV参考毒株进行比较分析。结果表明，WF00C、WF00D及WF00G的全基因组序列全长均为15192nt，与ZJ1、NA-1等毒株的基因组长度相同，比传统毒株LaSota、B1、Clone30等的基因组长6个核苷酸。WF00D、WF00C、WF00G的亲缘关系很近，尤以WF00D和WF00G的亲缘关系最近。WF00D、WF00C、WF00G在基因型分类上均归属于基因Ⅶ型，与同属于基因Ⅶ型的国内当前流行株ZJ1、NA-1、SF02、FMW等亲缘关系近，而与基因Ⅱ型的传统疫苗株或弱毒株LaSota、B1、Clone30和基因Ⅸ型的国内标准强毒株F48E8亲缘关系远。NDV流行株与传统疫苗株之间已发生较大差异。NDV基因组结构在遗传进化上高度保守。基因组的演化是在整体水平上进行的，l基因在病毒演化过程中保守性高，而p基因的保守性较差。NDV各毒株的3'端调控区同源性较高，而5'端调控区同源性较低。WF00C、WF00D及WF00G的各基因核苷酸的碱基突变多为C-T之间或者是A-G之间的转换，引起的大部分为同义突变。
　　 本研究测定了WF00D、WF00C、WF00G的全基因组序列并在分子水平上研究了它们的遗传变异情况、进化关系、分类地位及毒力差异的原因，为研究NDV的种间传播的分子机制，揭示NDV的演化规律奠定基础;为NDV的分子流行病学调查提供可靠的生物信息学依据;同时还为运用反向遗传技术研究NDV的分子生物学特性做准备。

目录

声明

摘要

缩略词

第一章 文献综述

1 新城疫概述

2 新城疫病毒(NDV)的分子生物学

2．1 新城疫病毒(NDV)的基本结构与特征

2．2 新城疫病毒的基因组

2．3 NDV基因组编码蛋白的特性

2．4 NDV致病性的分子基础

3 NDV的演化

3．1 NDV感染宿主范围的演化

3．2 NDV毒力的演化

3．3 NDV遗传特性的演化

4 NDV的基因分型与分子流行病学

第二章 研究内容

1 材料与方法

1．1 实验材料

1．2 实验方法

2 结果与分析

2．1 WF00C、WF00D及WF00G株全基因组各片段的RT-PCR扩增

2．2 阳性克隆的PCR鉴定

2．3 WF00C、WF00D及WF00G株全基因组序列的拼接与分析

3 讨论

4 小结

全文总结

研究的主要创新点

参考文献

附录一

附录二 有关核苷酸序列

致谢