用于单碱基错配识别的核酸微阵列新技术

摘要

随着人类基因组计划的完成和后基因组时代的到来,人们越来越认识到单核苷酸多态性(又称SNP)和突变在个体的表型差异、不同群体和个体对疾病,特别是对复杂疾病的易感性以及对各种药物的耐受性和对环境因子的反应研究中的重要意义.基因芯片技术为大规模单核苷酸多态性和突变检测提供了一种高通量、高灵敏度、快速和可靠的研究手段.用于单核苷酸多态性和突变检测基因芯片存在两个关键性的技术问题;第一是样品标记.样品标记过程不仅费用昂贵、耗时耗力,而且可能改变样品中目标序列的初始比例,影响了实验结果的可靠性.第二是单碱基错配识别的可靠性.固定化的核酸探针对单碱基错配的区分能力远低于均相体系中的核酸探针;同时,在生物芯片上集成了大量不同的核酸探针,很难使所有探针在同一条件下具有最佳的单碱基错配识别能力.为解决以上问题,该论文工作围绕分子信标微阵列芯片和基于生物芯片的解链曲线分析方法进行了研究.总结该论文工作,第一,首次研制并报道了一种可用于非标记样品单碱基错配识别的分子信标微阵列,研究其最佳反应条件和应用.第二,研究了一种基于生物芯片的解链曲线分析方法,首次报道了其在提高玻璃基片表面固定化的核母鸡探针微阵列单碱基错配识别能力研究中的应用.

目录

文摘

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第一章绪论

1.1基因芯片技术概述

1.2本文的目的及结构

第二章分子信标微阵列的制备

2.1分子信标

2.2氨基修饰分子信标的设计

2.3生物芯片的基底材料

2.4不同基片材料的修饰、活化及表征

2.5分子信标微阵列的制备

2.6小结

第三章分子信标微阵列的杂交

3.1仪器及软件

3.2分子信标微阵列的复性

3.3分子信标微阵列的杂交

3.4分子信标微阵列的杂交反应动力学

3.5小结

第四章分子信标微阵列的应用

4.1Escherichia coli 0157:H7毒力因子的鉴定

4.2人类载脂蛋白(Apolipoprotein E)的基因分型

4.3小结

第五章基于生物芯片的解链曲线分析方法及其在单碱基错配识别中的应用

5.1解链曲线分析方法

5.2仪器及软件

5.3溶液中及生物芯片上的解链曲线

5.4非平衡解链曲线在HBV突变检测中的应用

5.5小结

第六章总结

参考文献

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致谢