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电渗驱动DNA分子穿越纳米孔的Poisson--Fokker--Planck模型及离子电流变化的研究

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摘要

变量说明

第一章 绪论

1.1 引论

1.2 流体在纳米孔中输运的研究概况

1.3 DNA分子过孔及纳米孔测序的研究概况

1.4 本课题研究目的及意义

1.5 本章小结

第二章 纳米孔中电渗流的理论基础

2.1 流体动力学理论

2.1.1 流体主要性质

2.1.2 流体连续性方程和动量方程

2.1.3 Navier-Stokes方程

2.1.4 流体受力情况

2.2 双电层理论

2.3 输运理论

2.3.1 输运理论简介

2.3.2 Fokker-Planck方程

2.4 本章小结

第三章 DNA分子穿越纳米孔的理论模型

3.1 DNA分子穿越纳米孔的物理模型

3.2 纳米孔中电解液的控制方程

3.2.1 流体控制方程

3.2.2 电势控制方程

3.2.3 带电离子分布控制方程

3.2.4 Coulomb静电势效应引起的漂移系数和扩散系数

3.2.5 Brownian运动效应引起的漂移系数和扩散系数

3.3 相关宏观物理量的计算

3.3.1 DNA分子穿越纳米孔速度

3.3.2 DNA分子穿越纳米通离子电流分布和电流偏差

3.4 本章小结

第四章 DNA分子穿越纳米孔数学模型的数值求解方法

4.1 分群法

4.1.1 分群法概述

4.1.2 坐标空间分布与速度空间分布的耦合

4.1.3 积分项的分群处理

4.2 控制方程的无量纲化

4.3 控制方程的离散化

4.4 控制方程的求解

4.4.1 SOR迭代法

4.4.2 N点割线法

4.4.3 Newton-Raphson迭代法

4.4.4 Runge-Kutta法求解

4.5 模型计算程序逻辑

4.6 本章小结

第五章 求解结果分析

5.1 离子分布和电渗速度分布计算结果

5.2 纳米孔离子电流影响因素分析

5.3 DNA分子速度影响因素分析

5.4 离子电流变化影响因素分析

5.5 本章小结

第六章 总结和展望

6.1 总结

6.2 展望

致谢

参考文献

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