超级转录延伸复合物组分AFF1在肺癌中对趋化因子的调控

摘要

真核生物的转录过程在生物个体发育以及疾病发生中具有举足轻重的地位。RNA聚合酶Ⅱ(polⅡ)负责mRNA的初步合成。目前的研究表明polⅡ不能独立起始转录，在一些情况中polⅡ与通用转录因子结合后会停留在转录起始位点附近，等待合适的信号输入后，在正性转录因子(P-TEFb)的作用下磷酸化polⅡ的羧基末端，被激活的polⅡ将继续行使转录功能。这种模式被称为转录延伸检查点调控(Transcriptional Elongation Checkpoint Control，TECC)。
　　超级延伸复合物(Super Elongation Complex，SEC)在这一步中发挥了重要作用，该复合物主要包括转录延伸因子ELL蛋白，正性转录延伸因子P-TEFb以及几种混合白血病易位伴侣蛋白，例如AFF1，AFF4，ENL和AF9。SEC与发育及癌症发生具有密切联系，以往的研究表明SEC中的AFF1参与急性白血病的发生，然而AFF1对实体肿瘤的作用尚无明确的报导。
　　本实验室研究发现，SEC组分AFF1与非小细胞肺癌(Non-Small Cell Lung Cancer，NSCLC)存在密切联系。结合RNA干扰与与基因表达差异性分析技术，我们在非小细胞肺癌细胞系中敲低AFF1表达水平后发现，CXC趋化因子的转录本含量也随之下调。通过分析转录组测序数据，我们发现在CXC家族中，CXCL1，CXCL3以及CXCL5的mRNA水平与AFF1相关。结合ChIP-Seq数据，我们发现AFF1能够结合在编码CXC因子的基因上，染色质免疫共沉淀实验显示，除了AFF1，SEC的其它组分也结合在CXC家族基因座上。我们认为AFF1对趋化因子家族的调控依赖于SEC复合物的形成。
　　该研究工作揭示了实体肿瘤中AFF1蛋白对趋化因子的调控作用，能够为非小细胞肺癌的治疗提供新的思路。

目录

声明

摘要

前言

第一章 文献综述

1．真核生物转录调控简介

1．1 真核生物的转录启始

1．3 pol Ⅱ的磷酸化及释放

2．1 一些真核生物的基因转录激活受超级延伸复合物的调控

2．2 超级延伸复合物的组成

2．3 超级延伸复合物对基因调节的特异性

3．2 AFF1上的突变导致AFF1蛋白降解速率的下降

4．非小细胞肺癌研究进展

4．1 非小细胞肺癌的发病率

4．2 非小细胞肺癌的组织学特征

4．3 非小细胞肺癌的驱动基因

5．1 趋化因子与趋化因子受体的结构和分类

5．2 趋化因子在癌症中的作用

总结

第二章 实验材料及方法

1．1 实验试剂

1．2 细胞培养试剂及耗材

1．3 试剂盒

1．4 细胞系

1．5 实验仪器及设备

2．实验方法

2．1 构建表达AFF1 shRNA的pLKO．1重组质粒

2．2 制备AFF1抗体

2．3 细胞培养

2．4 慢病毒包装

2．5 A549细胞的感染

2．6 荧光定量PCR检测AFF1敲减效率平

2．7 免疫印迹试验(western blot)

2．8 染色质免疫沉淀(ChIP)

2．9 裸鼠成瘤实验

3．实验所用引物及shRNA序列

第三章 实验结果

3．2 构建pLKO．1-puro重组质粒，筛选特异性靶向AFF1的shRNA

3．3 AFF1敲减后下调CXC类趋化因子的mRNA水平

3．4 制备AFF1抗体

3．5 AFF1在CXC趋化因子基因上富集

3．6 AFF1对CXC因子的调控依赖于SEC的形成

3．7 AFF1在裸鼠成瘤中的作用

3．8 讨论

参考文献

致谢