猪瘟病毒JL-1(06)株的分离鉴定及其全基因组序列分析

摘要

猪瘟（classicalswinefever，CSF）是由猪瘟病毒（classicalswinefever virus，CSFV）引起猪的一种以稽留高热、广泛出血和高死亡率为主要特征的高度接触性传染病。CSFV是黄病毒科（Flaviviridae）瘟病毒属（Pestivirus）的成员，该属还有牛病毒性腹泻病毒1型（Bovineviraldiarrheavirustype1，BVDV-1）、牛病毒性腹泻病毒2型（BVDV-2）、绵羊边界病病毒（Borderdisease virus，BDV）、长颈鹿瘟病毒（Pestivirus of Giraffe）（暂定种）和非典型瘟病毒（D32/00_‘HoBi’）。CSFV为单股正链RNA病毒，基因组长约12.3kb，两侧为高度保守的5′和3′非编码区（UTR），中间含一个大的开放阅读框（ORF），编码4种结构蛋白（C、E1、E2和Erns）和7种非结构蛋白（Npro、p7、NS2-3、NS4A、NS4B、NS5A和NS5B）。
　　本研究用 PK15细胞从吉林某猪场疑似急性猪瘟仔猪的脾脏中分离出一株猪瘟病毒，命名为JL-1(06)株。参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计了9对引物，提取JL-1(06)株RNA，用RT-PCR扩增得到了覆盖JL-1(06)基因组全长的9个cDNA片段，将所得cDNA片段分别克隆至pMD18-T载体中，经测序和拼接后，获得了JL-1(06)株基因组全序列。经测定，JL-1(06)基因组全长12298bp，含有1个大的ORF，编码一个由3898个氨基酸残基组成的多聚蛋白，其5?-UTR和3?-UTR分别由373bp和231bp组成。
　　将JL-1(06)株与国内外已发表的CSFV毒株全基因组序列进行比较，结果表明，JL-1(06)株与石门系毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性均在99.4％以上，与Eystrup、ALD、Alfort/187、Alfort A19、CAP、Glentorf、GPE?、cF114和SWH株的核苷酸和氨基酸同源性在97%以上；与6株BVDV核苷酸序列同源性在66.5～71.6%。表明JL-1(06)株属于CSFV的1基因型中的1.1基因亚型。
　　对JL-1(06)、Shimen/WHU和Shimen/HVRI这3个毒株间单个基因的核苷酸及推定的氨基酸序列进行比较，结果表明，Npro、Erns、E2、NS2和 NS5B等基因变异较大，而C、E1、P7、NS4A和NS4B等基因相对保守。

目录

声明

前言

1猪瘟概述

2 猪瘟病毒概述

3 国内猪瘟分子流行病学研究概况

4 研究目的和意义

材 料 与 方 法

1 材 料

2 方 法

结果

1 病毒分离鉴定

2异源病毒和细菌检测

3 JL-1(06)株电镜观察

4 间接免疫荧光检测

5 RT-PCR扩增各cDNA片段

6 JL-1(06)株基因组全序列测定

7 JL-1(06)株基因组全序列与其它参考毒株的遗传进化树分析和同源性比较

8 JL-1(06)株与其它参考毒株的单个基因序列遗传进化树分析

9 JL-1(06)株与 Shimen/WHU、Shimen/HVRI、HCLV/HVRI3 个猪瘟病毒株间单个基因分析

讨论

结论

参考文献

致谢

作者简介

附 录（攻读学位期间发表论文目录）