全基因外显子测序技术在肝细胞癌侵袭性研究中的应用

摘要

目的：肝细胞癌（HCC）是一种常见的恶性肿瘤，全球范围内居恶性肿瘤死因第三位,HCC的发生与癌基因和（或）抑癌基因突变有关，但发病机制仍不明确，全基因组外显子测序技术（Whole exome sequence, WES）是一种经济、高效的测序方法，可用于筛选鉴定复杂疾病的相关致病基因。本实验拟采用WES技术对临床上不同转移潜能HCC组织及癌旁正常肝组织进行对比分析，初步探讨肝癌术后复发转移的基因序列改变包括各种突变。
　　方法：将10例HCC分按临床特征分为高转移潜能组和低转移潜能组，分别提取HCC组织及周围正常肝组织DNA，使用Complete Genomics（CG）Black Bird测序平台进行测序，所得数据同参考序列对比筛选变异基因,首先进行两组间对比后筛选出高潜能转移组中特有的突变,其次筛选出仅在肿瘤组织中的突变。
　　结果：1.有58个突变仅在高转移潜能组中出现；其中CCND3（rs1051130T/G）、CCRL2（rs3204849T/A）、CNTN2（rs2229866C/T）、FAT2（rs10044879G/A、rs150946802A/T*、rs2278370G/A）、MAP3K19（rs1112542G/C,rs16831235C/T）、PARP15（rs12489170G/A）、RECK（rs36108087G/A*,rs16932912G/A）、SDC1（rs10205485T/A）曾被报道过同一些肿瘤侵袭、转移有关；2.ADD1（rs4961G/T）、ALDH2（rs112235942G/T*,rs671G/A,rs145077856G/C）及FTSJ3（rs2727288A/T）频繁突变值得关注；3.有22个突变仅存在肿瘤组织中，其中ADGB（rs147022152A/T*、rs147045354G/T*）、CTNNB1（rs121913412A/G）、SAMD9L（rs92764797G/A*、rs92763885T/G*）曾被报道过同肿瘤发生有关。
　　结论：1．CCND3、CCRL2、CNTN2、FAT2、MAP3K19、PARP15、RECK、SDC1突变与HCC术后侵袭转移密切相关；2. ADD1、ALDH2及FTSJ3突变可能与HCC术后侵袭转移有关，还需进一步验证；3.ADGB、CTNNB1、SAMD9L的突变可能与HCC的发生有关。

目录

封面

声明

缩 略 词 表

中文摘要

英文摘要

目录

引言

材 料 和 仪 器

1 实验材料和耗材

2 主要实验仪器设备 仪器名称

方 法 和 步 骤

1 相关试剂配制方法

2 实验方法

3． 全外显子组测序

结果与分析

1. 标本资料

2. 样品检测结果

3、外显子测序结果

4.数据筛选及分析

讨论

1.实验结果讨论

2.本次实验研究的不足之处及改进

结论

参考文献

综述: 全基因外显子测序在肝细胞癌复发、转移研究中的应用

致谢