罗格列酮对MGC803、SGC7901及GES-1细胞基因表达谱的影响

摘要

目的：
　　利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因，检测经40μmol/L罗格列酮处理24小时后的胃癌MGC803、SGC7901细胞系及正常胃粘膜GES-1细胞系基因表达谱变化情况，探讨罗格列酮可能存在的抗胃癌细胞的分子机制及筛选相关靶基因，为临床上应用罗格列酮抗胃癌提供依据。
　　方法：
　　培养人低分化粘液胃腺癌MGC803细胞、人中分化胃腺癌SGC7901细胞及正常胃粘膜上皮GES-1细胞。实验组分别予40μmol/L的罗格列酮处理MGC803、SGC7901、GES-1细胞24h，溶媒对照组分别予等体积的二甲基亚砜处理 MGC803、SGC7901、GES-1细胞24h，利用 RNA-Seq技术检测各组细胞全基因表达谱的表达情况。利用泊松分布方法筛选各组间的差异表达基因，再结合相关生物信息学方法进行分析，筛选出胃癌细胞与正常细胞中具有显著差异表达且明显受罗格列酮调控的基因，了解它们可能具备的功能、涉及的信号通路等信息。最后通过实时荧光定量PCR对筛选出的基因进行验证，确定罗格列酮可能作用的靶点。
　　结果：
　　在测序的6组细胞中，RNA-Seq技术共选出26929个基因。在GES-1细胞系中，实验组与溶媒组相比共筛选出44个显著差异表达基因，其中上调23个，下调21个；在SGC7901细胞系中，共筛选出53个显著差异表达基因，其中上调25个，下调28个；在MGC803细胞系中，共筛选出83个显著差异表达基因，其中上调45个，下调38个。生物学GO分析结果显示可涉及细胞凋亡过程、细胞-基质粘附连接、转录调控等多个方面功能，并可能涉及血管生成、细胞侵袭转移、锚蛋白生物合成等多条信号通路。结合测序、GO、KEGG等结果分析，最终筛选出GOLGA6L1及 GOLGA6L22两种基因，上述2种基因在正常胃粘膜细胞与胃癌细胞中显著差异表达，且罗格列酮可显著影响胃癌细胞中的上述两种基因的表达。生物信息学分析上述2种基因可能涉及RNA降解信号通路且可能具备与自噬蛋白AMBRA1相近的功能，推测上述两个基因可能参与细胞自噬过程。利用实时荧光定量PCR技术对RNA-Seq测序结果进行验证，80%的验证结果与测序结果一致，未出现验证结果与测序结果相反的情况。
　　结论：
　　1.罗格列酮可多靶点的作用于胃癌细胞，此过程涉及众多基因的改变及不同信号通路。
　　2.GOLGA6L1及GOLGA6L22基因可能是罗格列酮作用的靶基因。

目录

声明

主要缩略语英文索引

第1章前 言

第2章 材料及实验技术方法

2.1.材料

2.2 实验技术方法

第3章 实验结果

3.1 RNA质检结果

3.2 RNA-Seq数据分析结果

3.3 qPCR实验对筛选出的差异基因验证

第4章讨论

第5章结论

参考文献

[文献综述]:RNA-seq测序技术在消化道肿瘤中的应用及进展

攻读硕士期间发表的论文

致谢