神农架川金丝猴投食群的遗传多样性及种群动态

摘要

神农架川金丝猴（Rhinopithecus roxellana）数量稀少，且孤立的分布于神农架及其周边地区，迫切需要在就地保护的同时，进行迁地保护。神农架大龙潭投食群和小龙潭圈养种群是川金丝猴迁地保护奠基者来源的两个主要候选群。那么大龙潭投食群和小龙潭圈养种群的个体是否适合作为川金丝猴迁地保护的奠基者呢？为此，我们对神农架大龙潭投食群和小龙潭圈养种群的遗传多样性以及大龙潭投食群的种群动态进行了研究。
　　本研究以神农架大龙潭投食群和小龙潭圈养群的川金丝猴为研究对象，将野外观察和室内分子实验进行了结合。通过非损伤性取样方法，对神龙架大龙潭投食群及小龙潭圈养群的个体进行了毛发样品和血液样品的采集，并从中提取基因组DNA。运用线粒体DNA、微卫星和MHC基因3种分子标记对这两个群体进行了遗传多样性的评估。同时，通过野外观察，记录了大龙潭投食群的单元结构、年龄结构、性别结构、出生率/死亡率、迁入/迁出、种群数量等种群相关参数，拟评估该种群的种群动态。
　　利用线粒体DNA、微卫星和MHC-DRB基因作为分子标记，在大龙潭投食群与小龙潭圈养群中发现:1）44条385 bp的线粒体DNA D-loop区部分序列中，有7个变异位点，6个单倍型，单倍型多样性（h）0.5011，核苷酸多样性（π）0.0018;2)73只个体中，8个微卫星位点共有36个等位基因，平均多态信息含量(PIC)0.57、平均观察杂合度(Ho)0.69、平均期望杂合度(He)0.63、近交系数（FIS）-0.011;3）643条270 bp MHC-DRB基因的外显子序列中有120个变异位点，25个等位基因，核苷酸多样性（π）0.075;4）除了线粒体DNA的遗传多样性相对较低外，微卫星和MHC基因的多态性均较为丰富。
　　通过2006-2014年对大龙潭投食群的野外观察发现:1）大龙潭投食群的单元组成结构会发生变化，家庭单元的数量由2006年的3个发展到了2014年的6个，全雄单元的数量保持1个不变;2）在9个年份里，猴群中婴幼猴的个体数量一直要大于老年个体数量，成年、亚成年、青少年个体数较多，成年个体的数量最多;3）猴群中雌性个体数一直比雄性个体数要多，平均雌雄性别比例(F∶M)为1.24;4）9年间猴群的出生率均高于死亡率，2008年的出生率最高，为28％，猴群的死亡率一直较低，最高为2012年的6.5％，猴群的平均出生率为15.84％，平均死亡率为2.13％;5)猴群常有迁入迁出的现象发生，9年间总共迁入了12只，迁出了23只个体;6）种群数量呈现快速增长的趋势，由2006年的40只增长到2014年的76只。
　　从以上结果可见，大龙潭投食群群体的遗传多样性相对较高，且近交水平较低。种群内和种群间存在着个体迁移，使其高的遗传多样性得以维持。种群数量处于快速增长的趋势，比较适合作为神农架川金丝猴迁地保护奠基者的候选种群。

目录

声明

摘要

第一章 文献综述

1．1 川金丝猴研究进展

1．1．1 川金丝猴简介

1．1．2 川金丝猴的遗传多样性研究进展

1．1．3 川金丝猴的社会结构及食性

1．1．4 川金丝猴的婚配制度和繁殖情况

1．2 神农架川金丝猴研究概况

1．2．1 神农架川金丝猴种群的发展

1．2．2 神农架金丝猴的保护

1．3 研究目的与意义

第二章 研究方法

2．1 研究地点

2．2 研究对象

2．3 样品采集与种群动态数据收集

2．3．1 个体识别

2．3．2 年龄性别组的划分

2．3．3 样品采集

2．3．4 种群动态数据收集

2．4 毛囊基因组DNA和血液基因组DNA的提取

2．4．1 毛囊基因组DNA的提取

2．4．2 血液基因组DNA的提取

2．5 线粒体DNA(mtDNA)D-loop区的扩增和测序

2．6 微卫星位点的扩增、扫描

2．7 MHC-DRB基因的扩增、克隆和测序

2．8 数据分析

2．8．1 线粒体DNA D-loop区的遗传分析

2．8．2 微卫星基因的遗传多样性分析

2．8．3 MHC-DRB基因的遗传多样性分析

第三章 研究结果

3．1 基因组DNA提取、线粒体DNA扩增、微卫星DNA扩增、扫描及MHC-DRB基因扩增、鉴定结果

3．2 遗传多样性

3．3 种群动态

3．3．1 单元结构

3．3．2 年龄结构

3．3．3 性别比例

3．3．4 出生率和死亡率

3．3．5 迁入和迁出

3．3．6 种群数量

第四章 讨论

4．1 PCR扩增

4．2 遗传多样性

4．2．1 线粒体DNA多样性

4．2．2 微卫星多样性

4．2．3 MHC-DRB基因多样性

4．3 种群动态

4．4 小结

参考文献

攻读硕士期间发表的论文

致谢