Abstract
第一章 综述
1生物信息学概述
2互联网与生物信息
2.1互联网
2.2生物信息网络组织
3基因组计划
4生物数据库系统现状
4.1生物数据库类型
4.2数据库检索工具
5生物数据分析方法
5.1序列片段拼接
5.2序列相似性比较
5.3基因预测和功能注释
6表达序列标签
6.1 EST数据的应用
6.2 EST数据的局限性
6.3 EST聚类分析
7研究的目的和意义
第二章 基于本地化的生物信息分析体系的构建
前言
1分析系统构建基础
2 Phred/Phrap/Consed系列软件包的安装及设置
2.1软件包的获取及安装
2.2序列生成过程及相应设置
3 BLAST软件的获得及安装
4数据库来源及本地化处理
4.1数据库的解压缩
4.2分离数据库中的水稻序列
4.3数据库序列提取
4.4数据库格式化
4.5数据库相似性检索
4.6获取数据库已知序列
4.7获取数据库已知记录
5分析系统应用示例
5.1 EST序列获取及相似性分析
5.2对已有序列的分析
6 BLAST的Web界面构建
6.1 Web服务器的安装与配置
6.2 WWW BLAST服务器安装与配置
6.3 WWW BLAST检索数据库的安装
6.4 WWW BLAST运行环境设置
6.5 WWW BLAST的使用
7其它本地化分析工具
8讨论
8.1相应分析软件比较
8.2系统数据更新
第三章 EST聚类方法研究及其在水稻中的应用
前言
1聚类策略与方法评价
1.1序列预处理
1.2 EST聚类策略
1.3 EST簇的连接
1.4测试结果分析
2聚类方法在水稻EST中的应用
2.1数据来源
2.2聚类分析结果
3讨论
3.1几种聚类方法的异同点
3.2 EST聚类分析的注意点
3.3根据EST聚类结果重建无冗余cDNA文库
第四章 水稻生物信息专业数据库构建
前言
1数据库系统安装及配置
2.数据库简介
2.1数据库结构
2.2数据库内容
3.数据库检索系统
3.1关键词检索
3.2序列的相似性检索
4讨论
4.1数据库发展方向
4.2基因注释
4.3整合水稻遗传图和物理图
参考文献
致谢
