文摘
英文文摘
论文说明:缩略词表
声明
第1章文献综述
1.1微生物基因组学的研究背景
1.2微生物比较基因组学的研究进展
1.2.1基因组学研究方法的发展
1.2.2微生物比较基因组学
1.3基因组学在细菌学中的应用
1.3.1细菌病原的分子检测和鉴定
1.3.2细菌的基因分型
1.3.3杀菌剂抗性基因的检出
1.3.4宿主与病原相互关系的探索
1.3.5单克隆抗体的研制
1.3.6疫苗的设计
1.4胸膜肺炎放线杆菌(APP)的生物学特性
1.4.1 APP的分类地位和代谢特性
1.4.2 APP毒力因子的研究
1.5猪瘟病毒(CSFV)的研究进展
1.5.1 CSFV基因组的非编码区
1.5.2 CSFV基因组的编码区
1.5.3 CSFV的分子流行病学及遗传多样性
第2章胸膜肺炎放线杆菌JL03株全基因组测序与注释及比较基因组学分析
2.1研究目的和意义
2.2材料与方法
2.2.1菌株
2.2.2质粒载体
2.2.3培养基
2.2.4主要生化试剂和溶液的配制
2.2.5细菌基因组的提取
2.2.6基因组DNA随机文库的构建
2.2.7基因组文库的大规模测序
2.2.8基因组数据的处理和拼接
2.2.9基因组的注释
2.2.10比较基因组学分析
2.3结果与分析
2.3.1胸膜肺炎放线杆菌JL03株的基因组测序
2.3.2胸膜肺炎放线杆菌JL03基因组的注释与比较分析
2.3.3 APP基因组的进化分析
2.3.4基因组序列结构的比较
2.3.5基因组的代谢和调控分析
2.3.6毒力因子的分析
2.4讨论
2.4.1基因组测序的策略问题
2.4.2 APP的铁吸收系统
第3章猪瘟病毒强毒株SWH/CA/2004株全基因组测序和分析
3.1研究目的和意义
3.2材料与方法
3.2.1病毒、细胞、质粒及细菌
3.2.2生化试剂及试剂盒
3.2.3培养基与抗生素
3.2.4引物设计与合成
3.2.5 CSFV RNA的提取
3.2.6 RT-PCR扩增与检测
3.2.7 CSFV强毒株全基因序列测定与分析
3.3结果与分析
3.3.1 CSFV SWH/CA/2004株全基因组的克隆及测序
3.3.2 SWH/CA/2004株基因组的基本结构
3.3.3 CSFV株的分子进化关系分析
3.3.4 CSFV基因组各基因的相似性分析
3.3.5 CSFV基因型的划分
3.3.6 CSFV 5'-NTR,Ern5,E2和3'-NTR的突变
3.3.7 SWH/CA/2004聚蛋白二级结构的预测
3.4讨论
第4章siRNA对黄病毒科RNA聚合酶表达抑制的研究
4.1研究目的和意义
4.2材料与方法
4.2.1细胞、菌株和质粒
4.2.2酶与试剂
4.2.3抽提质粒相关溶液
4.2.4 SDS-PAGE和Western blot相关溶液
4.2.5引物设计与合成
4.2.6 siRNA的设计与合成
4.2.7感受态细胞的制备、质粒的转化、质粒制备与纯化
4.2.8 siRNA表达载体的构建
4.2.9 RNA聚合酶基因与报告基因(EGFP)融合表达载体的构建
4.2.10 siRNA表达载体与各融合报告质粒共转染
4.2.11转染后的荧光检测
4.2.12流式细胞检测
4.3.13 Western blot检测
4.3.14实时定量RT-PCR检测
4.3结果
4.3.1 siRNA表达载体的构建
4.3.2 RdRp基因与报告基因(EGFP)的融合表达
4.3.3 siRNA表达载体与目的基因重组质粒共转染后的荧光检测
4.3.4流式细胞检测
4.3.5 Western blot检测
4.3.6 siRNA在mRNA水平抑制的检测
4.4讨论
第5章结论
参考文献
致谢
附表1.JL03菌株基因组的预测基因功能分类列表
附表2.个人简介
研究生阶段的发表论文