一个大白猪群血液参数健康标准的制定及BCL10基因多态性与部分血液参数的关联分析

摘要

养猪业中长期单纯对生产性能的追求，通常会导致猪群对疾病抵抗力的下降，而几乎所有的疾病受遗传的影响或控制，通过抗病育种提高猪群对疾病的抵抗力能有效解决这一问题。所以，抗病育种就成为家猪育种的热点之一。
　　 血液参数中的免疫指标、环境效应以及抗病相关基因对猪群的抗病力都有不同程度的影响。本研究基于一个大白猪实验群体的建立、血液参数的测定、BCL10在猪群的多态性检测和关联分析，结合分子生物学、生物统计学以及群体遗传学方法对血液参数及BCL10基因多态性与猪健康水平进行了研究，取得如下结果：
　　 (1)建立了一个有17头公猪、59头母猪、658头仔猪的大白实验群体，该实验群体具有完整的系谱资料、疾病记录、生产性状等表型性状记录，同时提取群体基因组DNA，并通过血常规测定获得473头仔猪五分类血液参数数据。
　　 (2)根据仔猪疾病记录和健康水平，通过生物统计的方法计算得到了该大白群体的健康状态下各血液参数范围及血液参数健康标准。
　　 (3)对473头猪的血液参数进行统计分析，得到了各血液参数间的相关系数，其中正相关系数最大的性状为红细胞平均体积(MCV)与大型血小板比率(PLCR)，相关系数为0.9723；负相关系数绝对值最大的两个性状为淋巴细胞比率(LYMPH％)与嗜碱性粒细胞比率(BASO％)，相关系数为-0.8672。
　　 (4)采用Hinp1I-PCR-RFLP方法检测了试验猪群的BCL10基因第3外显子144位点(T＞C)多态性发现T等位基因为优势基因(占54.5％)，检测表明该基因型偏离Hardy-Weinberg平衡。对BCL10基因多态性位点与血液参数做初步关联分析，初步发现该位点与白细胞数、淋巴细胞数显著相关。
　　 建立了一种基于SVM的疾病早期预测方法，发现大血小板比率(PLCR)、平均血小板体积(MPV)、红细胞压积(HCT)、中性细胞比率(NEUT％)等11个血液参数可以作为疾病早期预测的指标。

目录

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缩略语表

1 前言

1.1 研究问题的由来

1.2 文献综述

1.2.1 抗病育种概况

1.2.2 抗病力与血液参数的关系

1.2.3 BCL10基因研究进展及其与抗病力的关系

1.3 研究目的和意义

2 材料和方法

2.1 试验材料

2.1.1 试验动物

2.1.2 实验动物的饲养管理

2.1.3 血液采集及注意及注意事项

2.1.4 DNA样品

2.1.5 试剂

2.1.6 试剂的配制

2.1.7 主要仪器设备

2.1.8 主要分子生物学软件及相关网站

2.2 试验方法

2.2.1 基因组DNA的提取

2.2.2 基因组DNA检测与浓度的测定

2.3 BCL10基因型的检测

2.3.1 引物合成

2.3.2 PCR扩增体系

2.3.3 HinP1I-RFLP的检测

2.3.4 基因型检测与分析

2.4 健康水平的判定方法与步骤

2.5 基因型与血液参数的关联分析

2.6 SVM建模分析

3. 结果与分析

3.1 大白猪系谱资源群体的建立

3.1.2 DNA提取与检测

3.1.3 表型数据的收集

3.2 群体性状的统计分析

3.2.1 数据的预处理

3.2.2 血液参数总体统计

3.2.3 血液参数间的相关系数

3.2.4 血液参数标准与健康水平

3.2.5 预测疾病的SVM模型的建立

3.3 BCL10与血液指标的关联分析

3.3.1 BCL10的扩增及检测

3.3.2 BCL10基因群体遗传学检测与分析

3.3.3 BCL10基因与健康水平

3.3.4 BCL10基因型在剔除异常值与极端值后分布

3.3.5 BCL10与血液参数关联分析

3.4 性别因素对免疫指标的影响

4. 讨论

4.1 血液参数标准与抗病育种

4.2 疾病预测SVM模型的建立

4.3 对BCL10基因在群体内的应用

4.3.1 根据哈代温伯格定律的分析

4.3.2 猪BCL10基因与健康水平

4.4 猪BCL10基因SNPs与抗病育种

4.5 性别对部分血液参数的影响

5. 小结

5.1 本研究的主要结果与结论

5.2 本研究的创新与特色

5.3 本研究的不足与进一步工作的建议

参考文献

附录

致谢