猪7号染色体q1.1-1.4区域脂肪性状QTL的遗传分析

摘要

多项研究表明猪7号染色体p1.1-q1.4区域上存在显著影响背膘厚等脂肪沉积性状的QTL。在本室组建的大白×梅山猪F2代资源家系前期研究也表明该区域存在显著影响背膘厚性状的QTL，该QTL位置在p1.1-q1.4区域的Sw1856-Sw859标记区域内。本研究借助已公布的猪基因组序列图选定了猪7号染色体上该基因组区域10个位置候选基因，利用比较测序方法筛选了位于这些基因内部的部分SNP，进行了连锁图谱构建和QTL定位研究，具体结果如下：
　　 1.选择了位于Sw1856-Sw859区域内的6个候选基因，在这些基因内部发现了22个新SNP标记，并建立了其中6个新分子标记的基因型检测方法。综合利用已报道的4个SNP标记，在20Mbp的范围内共选用了10个SNP标记，对315头大梅F2个体进行基因型判定；选择8个多态信息含量丰富的SNP标记(多态信息含量为0.359～0.375)构建了连锁图谱。所构建的连锁图谱全长为24.6cM，位点间的平均距离为3.51cM。
　　 2.结合构建的SNP遗传连锁图谱，用线性模型最小二乘法对7个脂肪沉积相关性状进行QTL区间作图，利用置换法(permutation)确定显著性阈值。在脂肪性状的QTL定位分析中，共有5个QTL达到染色体显著水平(P＜0.05)，其中4个达到染色体极显著水平(P＜0.01)。①在GNMT-PLA2G7区间内检测到了影响胸腰结合处背膘厚QTL的存在，最大F值位于遗传图谱23cM处，该QTL解释了5.207％的表型变异，来源于大白品种的等位基因具有增加胸腰结合处背膘厚的效应。②在PPARD-GLP1R区间检测到了显著影响板油重、臀部平均背膘厚、三点平均背膘厚和6-7胸椎背膘厚QTL的存在，4个QTL分别解释了4.575％、4.999％、3.975％和4.668％的表型变异，来源于大白品种的等位基因分别表现为增加板油重、臀部平均背膘厚、三点平均背膘厚和6-7胸椎背膘厚的效应，最大F值位于遗传图谱11-12cM处。

目录

文摘

英文文摘

第一章 文献综述

1.1 猪7号染色体背膘厚性状QTL定位研究进展

1.2 猪7号染色体q1.1-1.4基因组区域研究进展

1.3 单核苷酸多态性及其在猪QTL定位上的应用

1.3.1 单核苷酸多态性(SNP)的概念和特点

1.3.2 SNP在猪QTL定位上的应用前景

1.4 本研究的主要内容和目的意义

1.4.1 研究内容

1.4.2 研究目的和意义

第二章 材料与方法

2.1 试验材料

2.1.1 DNA样品

2.1.2 性状测定

2.1.3 分子标记的筛选

2.1.4 主要仪器和设备

2.1.5 主要药品及试剂

2.1.6 缓冲液和常用试剂的配制

2.1.7 主要分子生物学数据库以及软件

2.2 试验方法

2.2.1 基因的多态性检测方法

2.2.2 PCR产物的回收、纯化、克隆测序

2.2.3 SNP标记基因型分析

2.2.4 遗传连锁分析

2.2.5 QTL定位分析

第三章 结果与分析

3.1 SNP标记的筛选与基因型分析

3.1.1 猪BTNL1基因部分基因序列的克隆、测序及多态性检测

3.1.2 猪SLC39A7基因部分基因序列的克隆、测序及多态性检测

3.1.3 猪COL21A1基因部分基因序列的克隆、测序及多态性检测

3.1.4 猪HMGA1基因部分基因序列的克隆、测序及多态性检测

3.1.5 猪PPARD基因部分基因序列的克隆，测序及多态性检测

3.1.6 猪GLP1R基因部分基因序列的克隆，测序及多态性检测

3.1.7 猪MDFI基因部分基因序列的克隆，测序及多态性检测

3.1.8 猪GNMT基因部分基因序列的克隆，测序及多态性检测

3.1.9 猪ABCC10基因部分基因序列的克隆，测序及多态性检测

3.1.10 猪PLA2G7基因部分基因序列的克隆，测序及多态性检测

3.2 基于SNP标记的连锁图谱构建

3.3 QTL定位结果

第四章 讨论

4.1 资源家系的构建

4.2 SNP标记以及连锁图谱构建

4.3 脂肪性状QTL定位分析

4.4 候选基因PPARD研究进展

4.5 小结

参考文献

致谢