猪PPARδ基因5'上游调控区SNP与脂肪沉积性状相关性及其功能初步分析

摘要

猪7号染色体存在显著影响背膘厚等脂肪沉积性状的数量性状座位（quantitative trait locus，QTL），氧化物酶增殖体激活受体δ（Peroxisome Proliferators-Activated Receptorδ，PPARδ）在调控脂肪生成和脂肪酸氧化过程中起重要作用，被认为是猪7号染色体背膘厚QTL区域最重要的位置功能候选基因。本研究选取了PPARδ基因转录起始位点5′端上游2100bp调控区序列进行了单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs）筛选和转录活性研究，取得了以下结果：
　　1.通过对大白猪和梅山猪PPARδ上游调控区进行比较测序，发现在该基因转录起始位点上游655bp处存在G/A碱基突变，利用PCR-EcoRⅠ-RFLP方法建立了检测该位点多态性的方法，在中外10个不同猪种中进行了多态性验证和等位基因频率分析；在大白×梅山F2代资源群体和梅山猪群中对该SNP与胴体性状进行关联分析，发现该位点与背膘厚、胴体长、板油重等胴体性状显著相关，其中携带GG基因型个体的背膘厚平均值都要显著高于AA基因型个体。
　　2.利用Tess和promoter等软件对PPARδ基因2100bp的启动子区进行转录因子结合位点的预测，根据这些转录因子具体位置，设计了七段缺失片段，在C2C12﹑PK细胞中进行了转录活性分析，结果发现在转录起始位点上游100bp处的活性是最高的，而之后的活性要明显偏低，表明转录起始位点上游100bp处可能是核心启动子区；同时构建了携带A/G等位基因的启动子片段，转录活性试验发现在猪PK细胞、小鼠C2C12细胞中G→A突变分别导致了该区域转录活性下降了5.15和4.07倍，生物信息学分析表明该碱基突变导致了转录因子INO2和NBF结合位点的改变。

目录

声明

第一章 文献综述

1 过氧化物酶增殖体激活受体（PPAR）家族的研究概况

2 过氧化物酶增殖体激活受体δ（PPARδ）基因对脂类代谢影响及机制

3 PPARδ基因变异与人类肥胖、脂类代谢的相关性

4 PPARδ作为猪7号染色体背膘厚QTL位置候选基因的研究进展

5 本研究的目的和意义

第二章 材料和方法

1 试验材料

1.1试验猪群及性状测定

1.2 所用试剂及药品

1.2 所用仪器和设备

1.3 所用载体和细胞

1.4 常用试剂的配制

1.5 主要生物学软件

2 试验方法

2.1 猪PPARδ基因多态性与遗传效应分析

2.2 猪PPARδ基因启动子活性分析

第三章 结果与分析

1 猪PPARδ5′调控区的基因克隆及生物信息学分析

2 猪PPARδ基因5′调控区SNP的鉴定和功能分析

2.1 猪PPARδ基因5′调控区SNP筛选

2.2 猪PPARδ基因5′调控区SNP位点的EcoRⅠ-RFLP分型

2.3 猪PPARδ启动子重组载体pGL3-basic的构建

2.4 重组载体Q1-Q7双荧光素酶活性的检测

第四章 讨论

1 关于猪PPARδ基因5′调控区域SNP选择及其遗传效应分析

2 关于PPARδ基因5’上游调控区转录活性的分析

3 关于转录因子INO2/INO4或NBF的讨论

4 下一步的工作

第五章 小结

参考文献

附 录1： 梅山大白序列比对

附 录2： 转录因子结合位点预测结果

附 录3：pGL3-basic/Q1-Q7重组质粒序列

致谢