国家冬油菜区试品种SNP标记指纹图谱的构建

摘要

作为我国主要的油料作物之一的油菜，每年的产油量占每年全国国产植物油产油量的50％以上。油菜品种的鉴定为种子质量标准化提供了坚实的基础，既能使生产用种的质量得到保障，也可以很好的保护育种家和种子生产者、使用者的利益和合法权益。品种鉴定也是种子的管理、解决品种的纠纷、打击假冒伪劣品种的有力手段。目前品种鉴定中应用最广泛的技术手段是SSR分子标记技术，普遍采用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法，但是这种检测方法存在检测效率偏低，且不同时间、不同实验室条件下重复性差等弊端。起初应用于人类遗传性疾病的研究中的单核苷酸多态性（SNP）分子标记，现在已经普遍应用到水稻、玉米、小麦的研究当中。但是在油菜中的应用还是较少。作为第三代分子标记，SNP分子标记不仅能克服SSR分子标记在品种鉴定中的种种弊端，而且具有不可替代的优势，不仅高效率、高精度，而且成本较低、可重复性高。因此，SNP分子标记引入到油菜品种鉴定中具有十分重要的意义。本文通过筛选华中农业大学和国际合作开发的基于油菜 AC基因组序列的6万个SNP位点，挑选了29个SNP位点，均匀覆盖于油菜这个基因组，在Illumina公司的Infinium芯片分析500份自交系品种中表现良好，具有较高的多态性，最小等位基因频率在0.15以上。以准确、快速、结果稳定为条件基础，建立了一整套基于SNP基因分型的甘蓝型油菜品种 DNA指纹鉴定的技术平台，并对2014-2015年度甘蓝型油菜国家区域试验品种的DNA品种特异性及续试品种的一致性进行了分析。品种间的遗传相似系数在0.45—0.98之间，说明品种间具有良好的遗传多样性。通过92组对照对Sequenom公司MassARRAY质谱分型的技术误差进行了分析，得出该实验技术的误差在1.2%左右。通过对照品种南油12号、秦优10号、秦优7号、青杂10号和7续试品种内一致度的分析，平均差异度在5%，说明即使是同一批品种，DNA水平上也有一定的差异度，造成这种差异的原因有多种，亲本的遗传背景、品种的变异等都是使差异存在的原因。

目录

声明

缩略语表

1文献综述

1.1油菜的起源及分类

1.2我国油菜种植现状

1.3油菜品种鉴定的发展及现状

1.4研究的目的和意义

2 材料与方法

2.1 供试材料

2.2实验方法

2.3 数据分析

3 结果分析

3.1 SNP标记的筛选

3.2 2014-2015年度国家冬油菜区域试验品种结果分析

3.3技术重复分析

3.4品种内的差异程度

4讨论

参考文献

附录

致谢