大白猪乳头数性状QTL定位及其与繁殖性状关系

摘要

母猪的乳头数与猪场生产效益密切相关，乳头数的多少间接影响着种猪生产性能的高低。多乳头数可以显著提高母猪的断奶窝重，因此乳头数被认为可能与断奶窝重与断奶数存在相关，同时乳头数性状也是现代育种工作中重要的指标，乳头数性状的选育逐渐成为育种工作中的重点。本研究以河北某猪场从美国引进的纯种美系大白猪为实验群体，对该群体330头大白母猪的乳头数性状及繁殖性状进行记录，分析了乳头数与繁殖性状之间的关系，同时采用Illumina porcine50K芯片对328头美系大白猪乳头数极端个体进行基因型分型，使用R语言环境下GAPIT软件分别对总乳头、左、右乳头数等进行了全基因组关联分析，进而确定与乳头数性状相关的候选位点；运用PCR－RFLP方法对530头大白实验猪进行了VRTN及位于SNP位点基因型鉴定，并与乳头数性状进行了关联分析。
　　本研究主要内容包括：⑴将乳头数性状与母猪的产仔数、产活仔数等繁殖数据进行相关分析，发现乳头数与产仔数、产活仔数、断奶数、断奶窝重等繁殖性状相关性不显著。⑵发现19个总乳头数QTL，其中10个QTL位于SSC6，集中分布在31Mb～36Mb区域内，3个总乳头QTL位于SSC7上，集中分布在103.2-103.5Mb区域内,其他总乳头QTL位于SSC1、SSC8、SSC16上；发现22个左侧乳头数QTL，分布SSC1、SSC4、SSC6、SSC8、SSC11、SSC15、SSC16；发现4个右侧乳头数 QTL主要分布位于SSC7上。通过Ensemble和NCBI基因组数据库在这些位点附近的连锁区域进行候选基因的搜寻，发现PROX2基因、RPLR基因等可能与乳头数相关的基因。⑶VRTN基因插入突变位点多态性与大白猪乳头数显著相关（P<0.05）, In/In个体的乳头数均值(14.78±0.76)极显著高于 Del/Del个体的乳头数均值(13.56±0.23)（P<0.01）。

目录

声明

缩略词表

1前言

1.1研究问题的由来

1.2文献综述

1.3研究目的及意义

2材料与方法

2.1 技术路线

2.2实验材料

2.3实验方法

3结果

3.1乳头数与母猪繁殖性状关系

3.2表型统计结果

3.3标记分布统计结果

3.4主成分分析结果

3.5 全基因组关联分析(GWAS)结果

3.6 VRTN基因与乳头数的关联分析

4讨论

4.1 乳头与繁殖性状

4.2 GWAS结果讨论

4.3 VRTN基因效应的验证

5小结

5.1本研究主要结论

5.2 本研究的创新点与特色

5.3 本研究不足之处及待解决问题

参考文献

致谢