我国HIV感染者中整合素α4β7结合位点的分布

摘要

目的：HIV-1感染建立及病毒传播的机制是HIV研究的前沿和热点,整合素α4β7能与gp120特异性结合并传递信号,结合位点是V2环区的保守三肽,促进病毒的感染、复制和传播。在中国,性传播和注射吸毒是主要的HIV感染者的传播方式,性传播排在首位并还有增长的趋势。因此研究整合素α4β7结合位点在HIV感染者中的分布,以及整合素α4β7对性传播人群的选择具有重要的意义。
　　方法：本实验样本选择四川凉山的CRF07_BC的异性传播和注射吸毒两组人群的阳性血浆样本,用巢式PCR扩增gp120的V1-V5区,查看整合素α4β7结合位点在CRF07_BC中的分布,以及在异性传播和注射吸毒人群中的分布差异,通过熵值和非同义突变与同义突变的比值(dN/dS)比较两组人群的序列差异,查看整合素α4β7对性传播人群通过V2区保守三肽的选择。并通过邻接法、最大似然法和贝叶斯方法构建系统进化树,查看序列的分类和进化情况。
　　结果：实验结果得到206条序列,其中异性传播人群103条序列,吸毒注射人群103条序列,在这两组人群中有191条序列的整合素α4β7结合位点是LDI,占到总序列中的92.7％。在吸毒注射人群中三肽分布:93条LDI,5条LDV,2条LDM,1条PDI,1条VDV,1条LDL,香农指数为0.45。在异性传播人群中的分布为:98条LDI,1条LDV,1条LDM,1条PDI,1条TDI,1条VDI,香农指数为0.27,IDU人群的香农指数大于异性传播人群,说明了IDU人群的α4β7结合位点多样性高。通过计算熵值,在群体水平静脉吸毒人群有6个位点熵值高于异性传播人群,异性传播人群有11个位点高于静脉吸毒人群。异性传播人群比起静脉吸毒人群的熵值要高,氨基酸变异度更大。在整合素结合位点(29,30,31)的三个氨基酸中,IDU人群的熵值在氨基酸31位点很高,两组人群在该位点有显著性差异,IDU人群在该位点变异度大,异性传播人群在该位点变异度小,说明了异性传播人群在该位点进行了选择。在选择压力作用下在静脉吸毒人群中有7个显著性差异阳性选择的位点,有25个显著性差异阴性选择的位点,异性传播人群中有9个位点发生了显著性差异的阳性选择,有58个位点发生了显著性差异阴性选择。群体水平上异性传播人群更多的位点上进行选择。异性传播人群在整合素α4β7结合每个氨基酸的dN/dS要比静脉注射人群要低,以静脉注射人群为对照,异性传播人群在30位点和31位点发生了选择(P<0.05)。通过三种方式构建进化树可以确定了分析数据都是CRF07_BC亚型,这些病人之间没有相互传播关系。
　　结论：根据本实验研究可以得出以下结论:整合素α4β7结合位点在CRF07_BC中分布以LDI为主。在群体水平上,异性传播人群在gp120上有更多的位点进行选择。整合素α4β7对异性传播人群具有选择性。本研究的毒株的最近共同祖先株是印度C,最近的祖先株起源时间是1976年。

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中文摘要

英文摘要

1前言

2材料和方法

2.1实验材料

2.2实验方法

2.3序列分析

2.4系统进化分析

2.5两组人群的基因特征分析

3结果与分析

3.1序列分析

3.2系统进化发育分析

3.3整合素α4β7 结合位点信息

3.4整合素α4β7 结合位点在两组人群中的位点分析

4讨论

实验研究样本的选择

不同传播途径对整合素α4β7结合位点的选择

系统进化树构建方式

5结论

参考文献

致谢