粪便保存方法对肠道细菌载量的影响

摘要

目的：通过检验不同粪便保存方法对总细菌和双歧杆菌丰度的影响，比较各种保存方法的效果，为肠道微生物有关的研究中粪便的保存方法提供参考。 方法：分别使用不同保存液（无保存液、95%酒精、RNAstore溶液）和保存温度（-80℃、蓝冰8-10℃、室温21-24℃）对4位健康志愿者的粪便样品保存24小时，以无保存液、-80℃条件保存的样本作为本研究的金标准与受测保存方法进行比较。提取基因组DNA后使用细菌通用引物Eub338F/518R和双歧杆菌特异性引物g-Bifid-F/R，通过荧光定量PCR（qPCR）测定各粪便样本中的总细菌和双歧杆菌丰度。 结果：志愿者的粪便总细菌丰度为2.5×108-1.3×109拷贝/g粪便。双歧杆菌丰度为2.5×105-7.8×106拷贝/g粪便。总体来看，本实验使用的粪便保存方法对总细菌丰度、双歧杆菌丰度、双歧杆菌/总细菌比值三项指标均无显著性影响。该结果提示我们，粪便采集24小时内，是否使用保存液、保存液种类、保存温度（低于24℃）均不会造成粪便细菌总数和双歧杆菌数量的显著变化。但某些个体（如XSH）的粪便样本中总细菌与双歧杆菌丰度显著异于金标准，这可能与个体粪便组成与菌群构成的特点有关，还需更大的样本量和粪便组成数据加以研究。 结论：本研究测试的保存方法均适用于以肠道菌群为研究目的的粪便样本存。

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摘 要

Abstract

前言

1内容与方法

1.1研究对象

1.2 主要仪器、耗材及试剂

1.3方法

2结果

2.1 提取的粪便基因组核酸浓度

2.2目标片段的扩增结果

2.3 检测qPCR标准品

2.4实时荧光定量PCR结果

3 讨论

3.1 保存温度对粪便样本中的微生物的影响

3.2 酒精的保存效果

3.3 商业成品保存液的保存效果

3.4 比较不同保存方法的优缺点

3.5 使用细菌绝对丰度与相对丰度指标描述肠道菌群

3.6本论文的不足之处及展望

4 结论

参考文献

综述

附录

致谢