声明
1 绪论
1.1 研究背景及意义
1.1.1 从基因组学到蛋白质组学
1.1.2 蛋白质-多肽相互作用
1.1.3 蛋白质-多肽对接
1.2 本文研究内容
1.3 论文的组织情况
2 蛋白质-多肽对接算法的研究
2.1 前言
2.2 主流蛋白质-多肽对接算法简介
2.2.1Rosetta FlexPepDock对接算法
2.2.2 HADDOCK对接算法
2.2.4 CABS-dock对接算法
2.2.5 MDockPeP对接算法
2.2.6ClusPro PeptiDock对接算法
2.3 本章小结
3 HPEPDOCK对接算法
3.1 多肽构象生成
3.1.1 多肽结构预测简介
3.1.2 多肽建模算法MODPEP
3.2 分层式的柔性多肽对接算法
3.2.1 MDock对接算法及其修改
3.2.2 基于知识的蛋白质-蛋白质迭代打分函数ITScore-PP
3.2.3 HPepDock算法的对接过程
3.3 HPepDock对接算法的性能分析
3.3.1 测试集
3.3.2 评价标准
3.3.3 结果与分析
3.4 在LEADS-PEP数据集上的比较
3.5 HPepDock对接的计算效率
3.6 本章小结
4 蛋白质-多肽全局对接网页服务器HPEPDOCK
4.1 HPEPDOCK对接原理与方法
4.2 HPEPDOCK网页介绍与使用
4.2.1 蛋白质和多肽输入
4.2.2 任务运行
4.2.3 对接输出
4.3 HPEPDOCK网页服务器的对接性能分析
4.3.1 测试集
4.3.2 评价标准
4.3.3 结果与分析
4.4 全局对接的计算效率
4.5 本章小结
5 总结与展望
致谢
参考文献
附录1 攻读学位期间发表论文目录
