从18SrRNA基因序列变化探讨几株紫杉醇产生菌的系统进化

摘要

本文利用微生物操作手段，分子生物学技术及各种统计分析软件，对四株紫杉醇产生菌HU1353，HQD33，HQD48和HQD54的18SrRNA基因序列进行了扩增、分析，进而对其系统进化关系进行了研究，同时对HU1353进行了形态学鉴定。结果表明，HU1353菌落平展，呈茸毛状，菌丝多表生，有隔多分枝，具疣，判定其为链格孢属(Alterinaria)，而且HU1353菌株的系统进化树构建结果也符合形态学鉴定结果。通过系统进化树的构建，也验证了HQD33和HQD48两株菌是同一菌属，并表明其与Hypoxylonfragiforme，Rosellinianecatrix，Surculiseriesrugispora菌属亲缘关系较近；HQD54菌株的系统进化树的研究结果表明，其与Cytospora菌属的亲缘关系较近。这些结果为四株菌的形态学鉴定结果提供了分子证据。同时通过与各自相关菌属系统进化树的构建，为寻找可能的紫杉醇产生菌来源提供了菌种资源信息。

目录

文摘

英文文摘

第1章引言

1.1紫杉醇

1.1.1紫杉醇的结构和化学性质

1.1.2紫杉醇在抗癌中的地位和市场供求分析

1.1.3紫杉醇生产的研究现状

1.2产紫杉醇内生真菌的分离及研究进展

1.2.1内生真菌

1.2.2产紫杉醇内生真菌的研究进展

1.2.3本研究利用的四株紫杉醇产生菌的生物学特性

1.3 18SrRNA基因结构性质及其研究进展

1.3.1 rRNA基因结构特点

1.3.2 18SrRNA基因结构特点

1.3.3 18SrRNA基因在进化研究中的重要性

1.3.4 1 8SrRNA基因在进化研究中的应用

1.4进化与分子系统研究中的数据分析

1.4.1序列的比对

1.4.2构建分子系统进化树的主要方法

1.5本课题研究的目的和意义

第2章实验材料和方法

2.1实验材料

2.1.1供试菌株及质粒载体

2.1.2主要生化和化学试剂

2.1.3培养基

2.2实验方法

2.2.1菌种的分离鉴定

2.2.2菌丝体的获得

2.2.3菌丝体基因组DNA的提取

2.2.4引物的设计与合成

2.2.5 PCR扩增反应

2.2.6 PCR产物的纯化和回收

2.2.7 PCR产物与T-Vector连接

2.2.8 E.coli JM109感受态细胞的制备

2.2.9转化大肠杆菌JM109

2.2.10蓝白斑筛选阳性克隆

2.2.11重组质粒的小量制备

2.2.12重组子的滞后质粒筛选和PCR鉴定

2.2.13重组体DNA测序

2.2.14 DNA序列数据的处理和分子系统进化树的构建

2.3实验仪器

第3章结果

3.1菌种的分离和鉴定

3.1.1 HU1353菌株的菌落形态观察

3.1.2菌体个体形态观察

3.2基因组DNA的提取

3.3目的基因18SrRNA基因扩增结果

3.4蓝白筛选结果

3.5重组质粒的PCR验证

3.6目的基因测序结果及同源性比较

3.7序列的比对(align)和系统进化树的构建

第4章实验分析和讨论

4.1菌种的分离鉴定

4.2基因组DNA的提取

4.3 PCR引物设计

4.4 PCR扩增反应

4.5 18SrRNA基因序列的系统发育分析

结 语

致 谢

攻读学位期间发表论文

参考文献