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摘 要
Abstract
第1章 绪 论
1.1.1 研究背景
1.1.2 研究意义
1.2 国内外研究现状
1.2.1 DNA结合蛋白识别研究现状
1.2.2 RNA结合蛋白识别研究现状
1.2.3 核酸结合蛋白识别研究现状
1.3 本文主要研究内容
1.4 本文组织结构
第2章 基于加权投票的DNA结合蛋白识别方法
2.1 引言
2.2.1 集成学习
2.2.2 基于加权投票的集成学习策略
2.3.1 数据介绍
2.3.2 蛋白质表示方法
2.3.3 机器学习算法
2.3.4 基分类器
2.4.1 评估指标
2.4.2 实验结果与分析
2.5 本章小结
第3章 基于PSFM谱的DNA结合蛋白识别方法
3.1 引言
3.2 蛋白质表示方法
3.3 基于PSFM的蛋白质表示方法设计
3.3.1 位置特异性频率矩阵
3.3.2 基于PSFM的氨基酸二元组转换
3.3.3 基于PSFM的氨基酸三元组转换
3.3.4 基于PSFM的氨基酸探针转换
3.4 方法实现及参数优化
3.5 实验结果及对比
3.6 特征分析和解释
3.7 在线预测系统
3.8 本章小结
第4章 基于深度学习的DNA/RNA结合蛋白识别方法
4.1 引言
4.2 数据集构建
4.3 蛋白质表示
4.4 长短期记忆网络和卷积神经网络
4.4.1 长短期记忆网络
4.4.2 卷积神经网络
4.5 网络设计与实现
4.5.1 核酸结合蛋白识别网络设计
4.5.2 区分DNA结合蛋白与RNA结合蛋白网络设计
4.6 实验结果与分析
4.6.1 核酸结合蛋白识别实验结果与分析
4.6.2 DNA结合蛋白与RNA结合蛋白区分实验结果与分析
4.6.3 DeepDRBP总体性能评估
4.7 在线预测系统
4.8 本章小结
结 论
参考文献
攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果
哈尔滨工业大学学位论文原创性声明和使用权限
致 谢
