猪NCOA1基因和ADAMTS1基因多态性及其与繁殖性状相关性分析

摘要

核受体辅激活蛋白1(NCOA1)基因通过与结合到DNA上的核受体相互作用并增强转录活性，受到影响的雄激素受体、雌激素受体等受体在动物的生长发育和繁殖等生理过呈起到重要作用。含凝血酶敏感蛋白模体的去解联金属蛋白酶(ADAMTS1)是新发现的影响排卵数的基因。本试验主要以豫南黑猪、杜洛克猪和大约克猪为试验材料，对这两种基因的多态性及其与繁殖性能的关系进行研究，以探讨这两种基因作为分子标记在猪育种工作中的应用。本实验采用酚氯仿抽提法提取猪血和猪毛囊基因组DNA。构建DNA池，进行NCOA1全基因测序，对猪NCOA1基因的遗传变异位点进行筛选。应用PCR-RFLP技术，对3个品种346头猪NCOA1外显子和ADAMTS1基因的SNP位点G223A、T196C、T427C和ADAMTS1基因的SNP位点G72A进行群体遗传学分析；并用SPSS17.0分析这4个多态位点对猪繁殖性状的影响。主要研究结果如下：
　　 1.NCOA1基因遗传变异分析根据提取的猪基因组DNA构建DNA池，进行混合DNA池测序，发现住外显子3、8和12中存在可能的多态位点，分别设计引物，应用PCR-RFLP技术检测外显子3、8和12中的3个SNP何点分别为G223A、T196C和T427C。测序结果表明，这3个SNP位点分别为G/A、T/C和T/C突变，3个位点都有2个等位基和3种基因型。遗传变异分析发现，G223A位点A是优势等位基因(0.509)，优势基因型为AB型(0.624)，该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态，多态信息含量(PIC)、杂合度(He)、有效等何基因数(Ne)分别为0.375、0.500、2.000，属于中度多态。T196C位点C是优势等(0.626)，优势基位基因型为CD型(0.460)，该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态，PIC、He、Ne分别为0.359、0.468、1.881，属于中度多态。T427C位点E是优势等位基因(0.652)，优势基因型为EF型(0.517)，该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态，PIC、He、Ne分别为0.351、0.454、1.831，属于中度多态。将检测到3个SNP位点与繁殖性能进行关联分析。结果显示：G223A位点各基因型间在总产仔数、产活仔数、出生窝重都表现差异极显著(p<0.01)。T196C位点CC型与CD型基因型间在总产仔数、产活仔数差异不显著(p>0.05)，CC型和CD型与DD型差异极显著(p<0.01)，出生窝重CC型与CD型差异显著(p<0.05)，CC型和CD型与DD型差异极显著(p<0.01)，21日龄窝重都表现差异极显著(p<0.01)；T427C位点各基因型间在总产仔数、产活仔数差异极显著(p<0.01)，出生窝重和21日龄窝重方面表现相同，均呈现EE型与EF型差异显著(p<0.05)，与FF型差异极显著(p<0.01)，EF型与FF型差异极显著(p<0.01)。
　　 2.ADAMTS1基因遗传变异分析在ADAMTS1基因的第7外显子多态位点的区域内设计引物用来扩增含有插入片度的一段序列，应用PCR-RFLP技术检测多态性位点G72A。测序结果表明该SNP位点是G/A突变，存在2个等位基因，3种基因型。遗传变异分析发现，G72A位点A是优势等位基因(0.633)，优势基因型为AB型(0.457)，该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态，多态信息含量(PIC)、杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)分别为0.357、0.465、1.868，属于中度多态。将该多态性位点与繁殖性状相关的生产数据进行关联分析。结果显示：G72A位点各基因型间在总产仔数和产活仔数均表现为AA型与AB型和BB型差异极显著(p<0.01)，AB型和BB型差异不显著(p>0.05)，出生窝重和21日龄窝重都表现为差异极显著(p<0.01)。
　　 3.根据单因素LSD法分析不同位点相同基因型以及对豫南黑猪、杜洛克猪和大约克夏猪繁殖相关性状分析得到：大约克夏猪在总产仔数、产活仔数、出生窝重和21日龄窝重与豫南黑猪和杜洛克猪两品种间整体呈现极显著(p<0.01)，豫南黑猪和杜洛克猪在总产仔数、产活仔数和出生窝重整体差异不显著(p>0.05)，在21日龄窝重差异极显著(p<0.01)。