驱动蛋白颈链对接的启动机制

摘要

传统驱动蛋白的颈链与马达结构域的对接是这个分子装置力产生过程的重要一步。颈链对接过程的启动步骤是颈链的前三个氨基酸(2KIN中的 LYS325，THR326和ILE327)一定要形成半螺旋结构，这样从而颈链的其他部分才能能够顺续地与马达结构域对接。实验已经显示颈链对接仅仅是由ATP结合启动的。因此，颈链的前三个氨基酸的半螺旋形成机制是理解驱动蛋白力学-化学循环的关键。
　　本文采用分子动力学模拟方法，我们对半螺旋的形成机制进行了基于结构和相互作用细节的深入研究。我们发现由ATP结合引起的马达头部转动能驱动ILE327向马达结构域上的疏水腔内移动。此驱动力与ILE327和疏水腔之间的疏水相互作用一起引起了THR326的顺时针旋转，进而破坏LYS325的锁定作用，最终驱动颈链半螺旋的形成。这个半螺旋的形成过程提供了从 ATP结合到颈链对接的力传递路径，是生命获得运动性的一个关键步骤。

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第一章 分子马达与蛋白

1 .1 引言

1 .2 驱动蛋白力产生机制

1 .3 半螺旋

第二章 分子动力学简介

2.1 NAMD概述

2 .2温度控制和平衡

2.2.1朗之万动力学参数

2 .3非键相互作用的距离测试

第三章 驱动蛋白颈链对接的启动机制

3 .1引言

3 .2 颈链对接的三个步骤

3 .3 半螺旋形成的机理

3 .4 颈链对接过程的分子动力学模拟

3.4.1模型与方法

3.4.2分子动力学模拟

3.4.3结果与讨论

第四章 结论与展望

参考文献

致谢

攻读硕士学位期间所取得的相关科研成果