酵母基因组中基因表达水平的统计分析

摘要

酿酒酵母是第一个完成全基因组测序工作的真核生物。由于全基因组中基因数量比较少，且结构简单，遗传背景也相对清楚，所以酿酒酵母被广泛作为真核模式生物。目前酿酒酵母在基因功能分析、转录组、蛋白质组等多个层次上的研究取得了飞速的发展。酿酒酵母在现代分子生物学和细胞生物学的研究中发挥了重要作用。利用人类基因组和高等生物与酿酒酵母基因组之间的组织结构和编码顺序上的同源性，不但可以为我们研究高等生物的生命提供良好的参考模型，而且也可以为人类基因组的研究提供良好积极的借鉴。
　　本论文首先基于酿酒酵母全基因组的核苷酸序列，基因表达水平数据，基因编码蛋白质的功能分类数据，以及基因的重要性分类（必要和非必要基因）构建了用于统计分析的酿酒酵母表达分析数据库。从酿酒酵母基因的序列特征、功能分类与网络调控等多个方面对基因表达水平变化进行了研究。
　　研究表明：
　　1、基因表达水平的变化与基因功能相关，功能重要的基因倾向于在细胞周期各时间段稳定表达。
　　2、基因表达水平的变化与基因的折叠稳定性和 tRNA拷贝数相关，基因的折叠稳定性越低其表达水平在各阶段的变化越大，而较低的tRNA拷贝数也倾向于使基因的表达水平出现较大变化。
　　3、基因共表达网络分析表明基因表达水平变化与其协同共表达的基因数呈显著正相关。

目录

声明

第一章 绪论

1.1 引言

1.1.1 酿酒酵母的细胞

1.1.2 酿酒酵母全基因组和研究成果

1.1.3 酿酒酵母基因表达与细胞周期

1.2 主要工作及意义

第二章 相关知识介绍

2.1 相关的生物学知识

2.1.1 酿酒酵母的细胞周期

2.1.2 密码子使用偏好

2.1.3 序列折叠稳定性

2.2 与本论文相关的统计学学知识

2.2.1 R软件

2.2.2 pearson相关检验

2.2.3 t检验

2.2.4 WGCNA

2.2.5 Cytoscape

第三章 数据库的建立

3.1 数据库的来源

3.2 数据库的整合

第四章 酿酒酵母表达水平变化的统计分析

4.1 酿酒酵母表达水平变化与基因的功能和重要性

4.1.1 酿酒酵母表达水平变化与基因的功能

4.1.2 酿酒酵母表达水平变化与基因的重要性

4.2 酿酒酵母表达水平变化与基因的序列特征

4.2.1 全基因组中基因的序列特征的统计分析

4.2.2 功能基因组基因的序列特征的统计分析

4.3 酿酒酵母表达水平变化与共表达网络

4.3.1 表达水平角度研究模块

4.3.2 生物学角度研究模块

第五章 结果与展望

参考文献

致谢