7种榕小蜂的Argonaute蛋白基因的分子进化

摘要

Argonaute蛋白是一类与小 RNA相互作用而起调控作用的蛋白。Argonaute蛋白在很多生物体包括植物和动物中都有发现，而且在所有生物体中都极其保守。Argonaute蛋白与小RNA结合，起基因调控的作用。它可以行核酸内切酶的作用和RNA干扰作用，参与表观遗传调控、转录和翻译的调控，因此还对胚胎发育过程有着重要作用。Argonaute蛋白在榕小蜂（膜翅目：小蜂总科）暂无相关研究报道。因此不同榕小蜂物种之间 Argonaute蛋白基因的进化关系，以及所有Argonaute蛋白基因经受的选择压力等问题是本研究所感兴趣的。
　　本论文首先通过设计简并引物来扩增Argonaute蛋白的保守片段，再基于保守片段设计hiTAIL-PCR的引物来得到长片段的Argonaute蛋白基因的序列。对于有基因组序列和（或）转录组数据的物种，如对叶榕传粉榕小蜂 Ceratosolen solmsi和非传粉榕小蜂Walkerella sp.，还通过手工基因注释和组装并辅以实验验证获得所有 Argonaute蛋白基因的序列。结果一共获得了来自七种榕小蜂的16条 Argonaute蛋白基因的长片段序列。针对所有已获得的长片段序列，用软件MEGA6.0构建基因树，然后用软件PAML的codeml程序中的位点模型对榕小蜂的Argonaute蛋白基因所受的选择压力进行分析。
　　结果显示：1，除对叶榕传粉榕小蜂C. solmsi缺失PIWI蛋白亚家族的基因而只有AGO蛋白亚家族的Ago2、Ago2-like之外，其它榕小蜂物种都有2-4个Argonaute蛋白基因，既有AGO蛋白亚家族成员，也有 PIWI蛋白亚家族成员；2，选择压力分析中，位点模型中的3对比较模型，M0/M3、M1/M2、M7/M8，都没有检测到正选择位点，而且各个分支都受到净化作用。结合各基因所编码蛋白的保守结构域的预测结果，佐证了Argonaute蛋白的保守性。但是C. solmsi缺失PIWI蛋白亚家族的编码基因也因此实在是一个暂时难以解释的问题。

目录

声明

一 绪论

1 Argonaute蛋白

2 榕小蜂概述

3 进化分析

4 研究的目的和意义

二 获得几种榕小蜂Argonaute蛋白基因的保守片段

1 材料与方法

2 方法

3 数据分析

4 结果与分析

三 获得几种榕小蜂Argonaute蛋白基因

1 材料

2 方法

3 数据分析

4 结果与分析

四 结果与分析

1序列的结构域绘图

2 进化分析

3 选择压力分析

五 讨论

1几种榕小蜂的Argonaute蛋白基因保守片段的扩增

2 hiTAIL-PCR扩增Argonaute蛋白基因的长片段序列

3选择压力分析

4 Argonaute蛋白的数目差异

六 结论

参考文献

附录

致谢

个人简历