应用荧光标记微卫星技术对广西和云南树鼩群体遗传多样性的初步探讨

摘要

目的：分析和比较广西和云南两个树鼩群体的遗传基础数据，以推动树鼩优良品系的培育及为后续研究树鼩肝炎模型在不同树鼩种群间感染效率的差异提供潜在信息。
　　方法：提取广西和云南各32只树鼩的全血基因组DNA，采用9对多态性丰富的微卫星引物进行PCR扩增，先用1％的琼脂糖电泳初步检测，再通过荧光标记结合毛细管电泳技术检测扩增片段，最后通过POPGENE等多种生物信息学软件来分析和比较两个树鼩群体的遗传相关指标，如等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量、shannon信息指数、F-统计量和遗传距离等，并对所有个体的基因型进行贝叶斯聚类分析，探索树鼩群体潜在的遗传结构。
　　结果:1、在64个树鼩血样品中共检测到62个等位基因，各位点等位基因和有效等位基因的数目在3～14和1.314～10.002之间。每个基因座上的平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为6.889、4.392。各位点观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别在0.141～1.000和0.241～0.907之间，平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.484和0.703。所有位点的多态信息含量（PIC）均大于O.5（0.541～0.895），平均PIC为0.725。等位基因丰度（AR）和Shannon信息指数(I)波动范围分别为2.995～12.824和0.484～2.419，平均值为6.388和1.490。研究结果表明所筛选的这9个微卫星位点均表现出较丰富的遗传多样性。
　　2、广西树鼩群体平均有效等基因数（Ne）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和shannon信息指数（I）分别为2.742、0.586、0.520和1.068，都略高于云南树鼩群体（2.294、0.484、0.420和0.861)，但这些差异均无显著性(PNe=0.232、PHe=0.193、PPIC=0.197和PI=0.232)；两个群体平均期望杂合度（He）为0.703，平均多态信息含量（PIC）为0.725，表明两个树鼩群体都具有较丰富的遗传多样性。
　　3、两个树鼩群体Fis均值＞0，说明两个树鼩群体总体上均存在近亲交配；而两个群体Fst均值为0.235，说明总体上两个群体间存在高度分化。哈迪-温伯格平衡检测结果同样显示两个树鼩群体的CCBL1B、CCDC61、EDA1和OPA3四个位点表现为极显著偏离哈迪-温伯格平衡，说明两个树鼩群体整体遗传结构欠稳定，容易受到近交、选择、突变等因素的影响。
　　4、广西和云南树鼩群体的遗传距离及无偏遗传距离分别为1.277和1.268，而两个群体的遗传相似系数约为0.28，表明了这两个群体间具有较大的遗传差异和分化程度。进一步分析两个树鼩群体遗传结构变异的分布情况发现，61.57%的微卫星遗传变异来自于群体内部，其余38.43%存在于群体之间。STRUCTURE分析发现，本研究所观察的树鼩个体分为2个理论群：广西和云南树鼩为中缅树鼩群体的两个不同的亚种。
　　结论：广西和云南两个树鼩群体的遗传多样性都较丰富，两个群体间具有较大的遗传差异和分化程度，进一步说明所研究的两个树鼩群体是中缅树鼩群体的两个不同亚种。其遗传变异主要来源于群体内部，但不可忽略群体间的遗传变异。本研究结果不仅为进一步对树鼩的研究提供可靠的遗传基础数据，也为今后在探讨树鼩肝炎实验动物模型中，分析不同树鼩种群的感染效率差异提供帮助。

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中文摘要

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前言

实验路线

一、实验材料与方法

1.实验材料

2.实验方法

二、结果与分析

1.基因组DNA纯度检测

2. PCR扩增结果

3. 荧光PCR扩增产物的检测结果

4. 连锁不平衡检测

5. 两个树鼩群体的遗传多样性

6. 微卫星位点遗传变异

7. 遗传距离和遗传分化

8. 遗传结构

9. 瓶颈效应分析结果

三、讨 论

四、结 论

参考文献

文献综述: 树鼩概况及微卫星遗传标记的研究进展

主要英文缩略词

致谢

攻读学位期间发表论文