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论文说明:缩略词
声明
第一部分疱疹病毒基因水平转移的研究
1前言
2数据与方法
2.1基因组数据的收集
2.2直系同源基因的确定
2.3基因特征的量化
2.4数据的训练及判别过程
2.5在非病毒物种中寻找与病毒序列相似性较高的序列
2.6在非病毒物种中有同源基因的水平转移基因的分子进化分析
3结果
3.1预测的准确性
3.2判别结果
3.3非病毒物种中同源基因的寻找
3.4水平转移基因的系统进化分析
4讨论
5小结
第二部分基于全基因组信息的疱疹病毒系统进化研究
1前言
2数据和方法
2.1基因组数据
2.2基于保守序列的系统发育分析
2.3基于矫正的寡肽出现频率的分析
2.4基于局部相似性比对的分析
2.5基于基因内容的分析
3结果
3.1基于保守序列的系统发育分析结果
3.2基于矫正了的寡肽片段出现的频率的系统进化分析
3.3基于局部相似性比对的系统进化分析
3.4基于基因内容的系统进化分析
4讨论
5小结
第三部分文献综述
1基因水平转移研究综述
1.1基因水平转移的定义及研究进展
1.2基因水平转移事件发生的机制
1.3基因水平转移事件的研究意义
1.4基因水平转移对物种进化的影响
1.5基因水平转移的预测方法
2疱疹病毒研究综述
2.1疱疹病毒的基因组序列
2.2疱疹病毒的基因
2.3疱疹病毒DNA复制过程
2.4疱疹病毒的系统发生关系
2.5与细胞基因同源的疱疹病毒基因
参考文献
分子进化分析中用到的序列
学习期间发表及拟发表的论文
致谢