BNC2基因多态性及其与鸡的银耳性状、产蛋性状的关系研究

摘要

BNC2基因在各种类型的细胞中广泛存在，可能参与RNA剪接过程。该基因与角质细胞增殖能力有关，在细胞终极分化中起重要作用。前人研究结果表明BNC2基因可能与鸡的色素合成相关，且参与了小鼠的卵巢发育。本论文将BNC2基因作为候选基因，分析了其多态性与鸡的银耳性状、产蛋性状之间的关系。主要研究结果如下：
　　1.采用PCR方法，从鸡中获得了BNC2基因的三个转录本，长度分别为3020bp，1066bp，866bp，均有开放阅读框。
　　2.对该BNC2基因进行蛋白的功能结构域分析，发现其结构域为Atrophin-1，并且其无跨膜区。对鸡与斑马鱼、青鳉鱼、狗、大熊猫等动物BNC2基因进行了同源相似性分析，鸡与中国仓鼠、斑马鱼、青鳉鱼属于同一分支，亲缘关系较近，与大熊猫、猴子、挪威鼠和家鼠亲缘关系较远。
　　3.运用荧光定量PCR检测到BNC2基因在鸡的肝、肺、肾、下丘脑、卵巢、耳等12种组织中都有表达，其中在肺、下丘脑、卵巢组织的表达量较高，在肝、肾组织的表达量较低；在非银耳鸡中，耳的表达量更高，约是银耳鸡表达量的4倍。
　　4.对清远麻鸡BNC2基因序列进行多态性位点筛查，共发现了20个SNPs。BNC2基因序列5’侧翼区12个多态位点与银耳性状和产蛋性状的关系，结果显示g.366A>T，g.3411G>A与鸡的银耳性状显著关联（P<0.05）；g.1600A>G位点与鸡的产蛋性状关联显著（P<0.05）。
　　综上所述，通过PCR方法克隆了BNC2基因，获得了三个转录本，并且BNC2基因在鸡的肝、肺、肾、下丘脑、卵巢、耳等组织表达，其多态性可能与清远麻鸡的银耳性状、产蛋性状显著相关。

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1 前言

2 材料与方法

2.1实验材料

2.1.1实验动物

2.1.2主要试剂

2.1.3其他试剂的配制

2.1.4 主要仪器设备

2.2 实验方法

2.2.1 样品采集

2.2.2总RNA提取和基因组DNA制备

2.2.3 总RNA反转录

2.2.4 BNC2基因克隆

2.2.5 BNC2基因组织表达

2.2.6 BNC2基因序列的多态性筛选及分型

2.2.7 基因分型

2.2.8 BNC2基因生物信息学分析

3结果与分析

3.1组织RNA的提取

3.2 BNC2基因不同转录产物的筛查结果

3.3 BNC2基因序列分析

3.3.1开放阅读框（ORF）预测

3.3.2 BNC2基因的同源进化分析

3.3.3 蛋白结构功能预测

3.3.4跨膜结构预测

3.4 荧光定量实验结果

3.4.1 Real-time PCR

3.4.2 BNC2基因各组织的表达规律

3.5 BNC2基因多态位点的筛查

3.6 BNC2基因多态位点与银耳性状、产蛋性状的关系

4 讨论

4.1 BNC2基因的表达

4.2 BNC2基因的克隆

4.3 BNC2基因多态性的分析

4.4 BNC2基因多态性与鸡银耳颜色、产蛋性能的关联分析

4.5 BNC2基因与银耳颜色性状的关系

4.6 BNC2基因与产蛋性能的关系

5 结论

致谢

参考文献

附录A 鸡BNC2基因转录本1序列及对应的氨基酸

附录B 斑马鱼、青鳉鱼、鸡、中国仓鼠、牛、挪威鼠、家鼠、大熊猫、狗与猴子BNC2基因CDS序列多重比对结果