蛋白质相互作用网络度分布的研究

摘要

随着系统生物学研究技术的快速发展，有关蛋白质相互作用的数据越来越多，利用这些数据，构成了庞大的蛋白质相互作用（PPI）网络。 2000年酵母大规模蛋白质相互作用网络图谱的成功描绘，蛋白质相互作用特别是大规模蛋白质相互作用研究成为生命科学领域的又一个研究热点。酵母、果蝇、线虫、大肠杆菌以及人类蛋白的大规模相互作用图谱的相继完成，对系统研究细胞内各种生命活动有着重要意义。PPI网络是研究细胞在分子层面活动的有力工具，而度分布是一个网络性质的重要统计参数。 但是来自于实验数据的蛋白质相互作用，存在着假阳性和假阴性，其数据的准确性可能会对网络的度分布的稳定性造成影响。因此，本文采用双模式选择方法评价在三种采样方法下，对四个物种PPI网络度分布稳定性的影响。 通过对数据的处理结果表明，在三种情况下（随机采样、数据库交叉、数据库增长），采样所产生的子网络度分布的稳定性仅与子网络的规模有关。 抽样的计算结果显示： （1）全网络随机抽样以及按照不同实验方法随机抽样，都对PPI网络度分布没有明显影响，结点的抽样率达到50％以下，度分布仍然保持稳定。 （2）蛋白质注释数据库交集抽样，对PPI网络度分布没有明显影响 （3）每年数据库收录数据的增长，对PPI网络度分布没有明显影响，而且果蝇的结点抽样率达到6．1％，度分布依然稳定。 （4）统计评价结果表明广延指数（stretched exponential）函数是描述PPI网络度分布的最优函数分布，且在以上情况下，stretched exponential函数都保持着极高的稳定性。 通过对PPI网络的分析，PPI网络度分布是一个比无标度网络更为复杂的网络，而且各种抽样和假阴性和假阳性不会对网络的度分布的稳定性造成影响。

目录

文摘

英文文摘

声明

一前言

1.蛋白质组学的研究现状

2.蛋白质相互作用网络

3.本文所研究的内容和意义

4.本文研究设计的依据和参数指标说明

二方法

1理论和方法

2数据的收集和处理

3数据分析

三研究结果

1各函数对蛋白质相互作用网络的拟合

2随机抽样对蛋白质相互作用网络的影响

3数据的新旧对蛋白质相互作用网络的影响

4实验方法对蛋白质相互作用网络的影响

5蛋白质可信度来源对蛋白质相互作用网络的影响

四讨论

1数据抽样对蛋白质相互作用网络的影响

2数据来源对蛋白质相互作用网络的影响

3数据交叉对度分布的影响

五结论

参考文献

在读期间发表文章

致谢

附录：论文中英文缩略词表