插入缺失多态性位点与STR基因座在石蜡包埋肿瘤组织身源鉴定应用的研究

摘要

目的：探讨插入缺失多态性位点与STR基因座在石蜡包埋肿瘤组织身源鉴定中的应用。方法：对甲醛固定石蜡包埋1年的28例肿瘤组织，采用离心柱法提取肿瘤组织DNA，应用两种STR基因座检测系统，分别为PowerPlex?21系统的20个STR基因座以及Identifiler系统的15个STR基因座，并采用包含30个插入缺失多态性位点的 Investigator?DIPplex系统进行检测分析，比较肿瘤组织STR基因座与插入缺失多态性位点的检出率，根据基因型频率计算不同检测系统在肿瘤组织的似然率。结果：（1）应用PowerPlex?21系统，所有石蜡包埋肿瘤组织的样本均可检出 STR基因座，基因座检出率为68.57%（384/560）；应用Identifiler系统仅10例样本检出STR基因座，基因座检出率为23.33%（98/420）；应用Investigator?DIPplex系统，所有样本均检出插入缺失多态性位点基因座，基因座检出率为94.88%（797/840）。（2）根据以上检出的基因座与对应的基因频率计算似然率，其中PowerPlex?21系统的范围为8.8772×106～4.4962×1032，Identifiler系统的范围为1.4706×106～1.6999×1021，Investigator?DIPplex系统的范围为3.0278×109～1.5283×1018。（3）比较以上3个检测系统均有基因座检出的10例样本的似然率，其中Investigator?DIPplex检测系统的似然率低于PowerPlex?21系统（P﹤0.0001），与 Identifiler系统无显著差别（P﹥0.05）。结论：（1） Investigator?DIPplex系统在甲醛固定石蜡包埋肿瘤组织等高度降解检材中的基因座检测敏感性最高，检出率高于PowerPlex?21系统和Identifiler系统，PowerPlex?21系统次之。（2）Investigator?DIPplex系统在不同肿瘤组织的身源鉴定比两个STR检测系统有更稳定的效能，PowerPlex?21系统次之。（3）在甲醛固定石蜡包埋肿瘤组织等高度降解检材中，PowerPlex?21系统的身源鉴定能力最高，Investigator?DIPplex系统与Identifiler系统无显著性差异。（4）应用基因遗传标记对微量及高度降解检材进行个体识别及身源鉴定，在STR基因座等位基因丢失或无法得到足够数量的基因座用于判断时，Indel多态性位点可以作为良好的补充方案。

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前言

第一部分 STR基因座在肿瘤组织中基因分型的应用

1 材料与方法

1.1 材料

1.2方法

2 结果

2.1 肿瘤组织病理

2.2 PowerPlex? 21复合荧光扩增体系STR基因座电泳结果

2.3 28例肿瘤组织PowerPlex? 21检测系统20个STR基因座分型结果

2.4 AmpFiSTR? Identifiler复合荧光扩增体系15个STR基因座电泳结果

2.5 两种STR检测系统在石蜡包埋肿瘤组织基因座检出率与似然率的比较

3 讨论

3.1 石蜡包埋肿瘤组织DNA的提取、STR基因座检出结果

3.2 STR基因座用于石蜡包埋组织的似然率计算

4 小结

第二部分 插入缺失多态性位点在肿瘤组织中基因分型的应用

1 材料与方法

1.1 材料

1.2 方法

2 结果

2.1 石蜡包埋肿瘤组织30个InDel基因座电泳结果

2.2 石蜡包埋肿瘤组织InDel基因座分型结果

2.3 Indel多态性位点基因座与STR基因座检出率与似然率比较

3.讨论

4 小结

结论

参考文献

综述:肿瘤组织身源鉴定研究进展

致谢