基于文献挖掘的人前列腺癌miRNA差异表达的生物信息学分析

摘要

目的：通过比较老年前列腺癌组织、癌旁组织和意外机械伤害去世的健康年轻人的前列腺的组织的miRNA表达的差异，从分子水平研究由于miRNA异常表达而引起前列腺癌的发生和发展，从而为临床早期诊断和防治提供统计依据和新思路。
　　 方法：利用PubMed公共数据库文献挖掘健康男性年轻人前列腺组织细胞（B组）、老年男性前列腺癌旁组织细胞（C组）和老年男性前列腺癌组织细胞（D组）两两miRNA显著表达差异比较，确定与前列腺癌相关的miRNA的类别，并进行显著差异表达的miRNA的靶基因的pathway、GO、功能注释等的生物信息学分析。
　　 结果：健康男性年轻人前列腺组织细胞（B组）、老年男性前列腺癌旁组织细胞(C组)和老年男性前列腺癌组织细胞（D组）两两miRNA显著差异表达的结果共有40个，去除重复的miRNA后有32个miRNA被筛选出来。其中B、C、D三组两两特异筛选出的有24个miRNA，两两公共特异筛选出8个miRNA。这些筛选出来的miRNA都在图1里已全部分类标识出来。在四个实验验证过的miRNA靶基因预测的网站上查询这些筛选出来的14个与前列腺癌密切相关的特异miRNA的靶基因，因不同的miRNA可能有相同的靶基因，因此初步共筛选出2571个靶基因（含各个miRNA的重复靶基因），去除重复后剩下1736个不重复的靶基因。最后导入1731个可被DAVID识别的靶基因。最后通过矫正后筛选出187个靶基因注释在20条KEGG通路中(p＜0.05）。通过代谢通路的富集度分析，我们发现有20条通路显示具有显著的统计相关性，预示着这些途径可能和前列腺组织的癌变有密切关系。三种GO结点的靶基因和pathway的靶基因的交集共有187个。这187个靶基因共被12个miRNA在前列腺癌组织细胞里调节。20条通路在癌变通路、慢性髓样白血病、细胞循环、β转化生长因子信号通路、前列腺癌、胰腺癌、p53信号通路、结直肠癌、肺小细胞癌、膀胱癌、Wnt信号通路、非小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、神经胶质瘤、急性髓样白血病、肾细胞癌、细胞间沾着连接、轴突导向、泛素介导的泛素水解和神经营养因子信号通路等方面起重要作用。
　　 结论：我们认为12个miRNA和其调节的187个靶基因是前列腺癌恶性转化的重要基因，并对调节这些这些基因的miRNA基因进行深入的研究，将为揭示前列腺癌的分子机制、前列腺癌发生与其他癌症的发生发展的关联、开发最新的RNA药物和靶向治疗提供有效的统计参考。通过查询已发表的文献，证明筛选出来的12个显著差异的miRNA中的Let-7i、 miR-20、miR-21、miR-26a、miR-26b、miR-126、miR-145、miR-185,miR-221、miR-224共10个已经得到实验验证。只有miR-138和miR-330没发现文献支持，这两个是我们新发现的需要进一步实验验证的miRNA。

目录

声明

摘要

1 前言

1．1 研究背景

1．2 研究目的

1．3 研究内容

2 材料与方法

2．1 材料

2．2 方法

3 结果

4．讨论

5．结论

6．本课题的不足之处

参考文献

致谢

综述一 微小RNA靶基因预测及靶基因的生物信息学分析概述

综述二 Dysfunction of H19 Caused by Epigenetics and Mutation in Diseases