人脐静脉内皮细胞缺氧早期基因表达谱研究

摘要

一、方法 1．制作脐静脉内皮细胞株(EA.hy926)缺氧模型，检测常氧和缺氧1 h、3 h、6 h、12 h各时相点ICAM-1、HIF-1α蛋白表达情况。 2．将细胞分为常氧组和缺氧3 h组，分别提取总RNA，依照Invitrogen公司LongSAGE kit说明，构建常氧和缺氧3 h脐静脉内皮细胞Long SAGE文库，具体操作简述如下：制备mRNA，合成cDNA双链，锚定酶酶切后的cDNA片段等分两份，分别与A、B接头连接；然后以标签酶酶切，并连接形成双标签；PCR扩增，分离纯化双标签；双标签随机连接形成串联子并将其克隆至pZero载体中，测序。测序结果经软件分析，获得标签序列及丰度信息，通过与Genbank数据库比对确认基因。 3．生物信息学分析：通过NCBI ftp://ftpl.nci.nih.gov/pub/SAGE/HUMAN/Hs long.best gene.gz平台分析去除多重匹配标签中的冗余标签，统计差异表达P值<0.05的有意义标签，纳入后续分析(信号途径活化分析除外)；根据单一匹配有意义标签在2个LongSAGE文库中差异表达，总结缺氧后表达明显上调和下调的基因；通过制作MA散点图了解缺氧和常氧两个SAGE文库中标签的分布情况；制作常氧和缺氧脐静脉内皮细胞基因表达图谱；采用在线数据库(http://www.discover.nci.nih.gov/gominer/)，基于GO (Gene Ontology，有译为“基因本体”或者“基因注释”)生物信息学系统，对SAGE文库中P值小于0.05的差异表达基因进行了基因功能注释和分类；基因富集分析采用PERL程序(geneid2path.pl)，通过KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)平台预测分析缺氧早期血管内皮细胞信号通路与生化途径改变。 4．常氧和缺氧脐静脉内皮细胞基因表达谱的验证：RNA水平的验证采用荧光定量PCR，对SAGE文库中随机挑选的5个已知基因进行验证，比较缺氧后其在RNA水平变化是否与SAGE文库中所得结果相符。采用结合标签的基因序列延伸(GLGI)技术对从文库中选取的3个无匹配标签进行扩增，确定其是否属于未知新基因。与常氧和缺氧基因表达谱相关蛋白质验证采用Western blot检测缺氧后VEGF、PCNA蛋白表达变化。与常氧和缺氧基因表达谱相关细胞功能验证采用细胞计数绘制缺氧前后细胞生长曲线、流式细胞仪分析缺氧后细胞周期改变、以及Annexin V方法检测短暂缺氧后细胞凋亡发生率，对缺氧早期促细胞增殖和凋亡效应等方法进行验证。 5．Western blot检测缺氧后血管内皮细胞Integrin β1蛋白表达变化；转染Integrinβ1全长启动子荧光素酶报告基因至细胞，转染48 h后行缺氧3 h处理，检测缺氧前和缺氧后不同时间Integrin β1启动子活性变化；构建Integrin β1荧光小RNA干扰载体，转染EA.hy926细胞，筛选稳定低表达细胞株，通过绘制常氧、缺氧状态下正常EA.hy926细胞和下调表达细胞株生长曲线，对Integrin β1在缺氧早期促血管内皮细胞增殖效应中的作用进行了初步研究。 二、结果 1．通过Long SAGE技术构建了常氧和缺氧脐静脉内皮细胞Long SAGE文库，缺氧SAGE文库测得30,756个标签，其中识别出的基因(即unique tag)总数为13879，比例为45.13％；重复的双标签体总数为762，比例为2.40％。常氧SAGE文库测得标签数为31213，其中识别出的基因总数为13665，比例为43.78％；重复的双标签体总数为758，比例为2.40％。文库中共有112个基因表达量出现明显差异(P<0.05)，涵盖编码细胞代谢酶类，核糖体蛋白，生长因子，转录和翻译调节因子等，其中缺氧后明显上调的基因为62个，包括信号转导和转录调节因子GPCR5A和C11ORF13，以及促血管生成因子ANGPLT4等；而显著下调基因为50个，包含参与离子结合和防御反应的基因如HMOX1、SOD1、FTH1、CTGF、OTUB1等；这些基因被视为缺氧后有显著差异表达的基因，纳入后续生物信息学分析中。 2．生物信息学分析：综合基因富集分析和GO分析结果，发现缺氧早期由于负调控增殖基因群的表达受到明显抑制(共有4个负调控基因出现显著差异表达，其中CAV1，GJA1，HMOX1表达下调，NME1表达上调)，总趋势是促进细胞增殖；另外，缺氧早期P13K通路被显著激活，而TGF-β受体和Notch信号通路被抑制。由于抗凋亡基因(HSPA1A，ANXA1，CFL1，HMOXl)表达明显下调，促使缺氧早期凋亡发生；另有71个参与细胞周期调节的基因表达发生改变，使细胞周期进程受到影响；由于血管生成素样蛋白4(ANGPTL4)表达显著上调，促进了血管内皮细胞的血管发生潜能；由于ITGB1，ITGA6，THBS1，LAMB3，CD47，COL5A1，FNDC4，ITGA2，ITGA10黏附分子表达上调，促进ECM受体相互作用；由于脂代谢相关基因ANGPTLA表达明显上调，脂代谢加强，但ATP合成和转运却减少；虽然细胞对温度反应能力增强，但总体而言细胞对外界刺激反应减弱，使脐静脉内皮细胞对外界防御能力降低。 3．荧光定量PCR结果表明EA.hy926细胞缺氧处理3 h后，ANGPTL4、HNRPDLmRNA表达上调；FTH1，HMOX1，CTGF mRNA表达下调，其变化趋势和SAGE文库中丰度变化情况一致。 4．从SAGE文库中挑选的3个无匹配标签通过GLGI均得到不同程度延伸，经BLAST后与已知基因匹配，分别是微管蛋白β2C、核糖体蛋白SA、核糖体蛋白L41。 5．据生物信息学分析对缺氧早期细胞增殖和凋亡改变的功能验证，证实缺氧早期此两项细胞功能的改变与文库生物信息学分析结果吻合。缺氧早期血管内皮细胞生长曲线左移，增殖指数于缺氧1 h即明显升高，持续到缺氧6 h，缺氧12 h较正常对照下降；VEGF和PCNA表达均于缺氧早期升高，提示缺氧早期促进细胞增殖。缺氧后3 h，12 h细胞凋亡发生率明显增高，提示缺氧早期促凋亡发生。 6．缺氧后Integrin β1启动子活性明显增强，其蛋白表达明显增加；Integrin β1 RNA干扰可以明显下调。Integrinβ1蛋白的表达，抑制EA.hy926细胞的增殖；缺氧处理后，，Integrin β1下调细胞株和正常EA.hy926细胞增殖曲线均发生明显左移，但正常EA.hy926细胞生长曲线左移程度较Integrin β1下调细胞株更大，两者差别具有统计学意义，提示缺氧早期通过上调Integrin β1表达，促进EA.hy926细胞的增殖。 三、结论 1．采用Long SAGE技术成功构建了人脐静脉内皮细胞常氧和缺氧3 h Long SAGE文库，获得涵盖上万个转录本信息的表达谱数据，鉴定出112个差异表达基因(P<0.05)。 2．缺氧早期以多种基因的激活或抑制方式，调节多种信号分子的表达，促进细胞增殖、脂代谢、血管生成，有利于启动血管内皮细胞自身保护性机制；同时细胞凋亡增加，细胞周期进程受影响，细胞防御能力降低；文库所筛选出的这些差异表达基因，为日后研究缺氧细胞保护性机制提供了思路和依据。 3．对Long sAGE文库中5个差异表达基因，以及增殖和凋亡功能的验证结果与文库结果相符，说明文库标签丰度定量及后续生物信息学分析具有良好的置信度。3个无匹配标签3'EST延伸片段经BLAST后证实均为已知基因。 4．缺氧早期通过激活Integrin β1启动子促使其蛋白表达量增加，参与缺氧早期促脐静脉内皮细胞增殖效应。

目录

论文说明：英文缩写一览表

声明

摘要

前 言

第一部分人EA.hy926细胞短期缺氧Long SAGE文库构建和生物信息学分析

材料与方法

结 果

讨论

第二部分Long SAGE文库部分基因表达和生物信息学结果验证

材料与方法

结 果

讨论

第三部分Integrinβ1在缺氧早期促血管内皮细胞增殖效应中作用的初步研究

材料与方法

结 果

讨论

全文结论

致 谢

参考文献

文献综述：基因表达系列分析的原理、应用和进展

攻读博士学位期间发表的论文