基于分子对接技术探讨中药川芎治疗脑缺血的物质基础及分子作用机制

摘要

中药具有作用平稳、毒副作用小及耐受性高等特点，在临床治疗中发挥越来越重要的作用，在现代药物研发中也受到越来越多的关注和重视。中药的复杂性决定了它具有多成分、多靶点、整合调节的优势和特点，使其成为很多慢性疾病如心脑血管类疾病的理想用药。但中药有效成分未知，作用机制不明确，成为中药走向世界的重要阻碍。用先进的科研技术去阐释中医药，让中医药走出世界、为全人类造福是历代来我国中医药科技工作者盼望已久的理想与目标。中药有效物质研究是阐明中药药效物质、药理作用及其机制和临床疗效的先决条件，也是深层次开发中药方剂、改进工艺和剂型、制定质量标准、提高临床疗效的重要基础，是中药现代化的重要组成部分。如何能够快速、有效地阐明中药有效物质，从方法和技术上完善中药复杂体系中物质基础研究的难题，是现阶段国内外学者不断探索、研究的热点问题。此外，能否从分子水平上阐述中药治疗相关疾病的作用机制，如何从中药化合物中筛选得到相关靶点的潜在活性化合物也是一个热点研究方向。
　　本研究采用分子对接方法探讨中药川芎治疗脑缺血的物质基础及分子机制。首先，从CTD数据库（http://sm.nwsuaf.edu.cn/lsp/tcmsp.php）查找与脑缺血相关的基因，再通过DrugBank数据库（http://www.drugbank.ca/）筛选得到所需的靶蛋白，靶蛋白的三维结构可由PDB数据库（http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do）获得。所得的蛋白经过处理，保存为对接受体。川芎的化学成分从TCMSP数据库（http://sm.nwsuaf.edu.cn/lsp/tcmsp.php）搜集得到，经过相应的处理后，保存为分子对接的候选小分子。然后用Discovery Studio中的LibDock模块进行对接，以靶点对应上市药物的得分为阈值，筛选出川芎中治疗脑缺血的可能有效成分。
　　本文筛选得到12个化学成分，其中10个都有文献报道，确实为川芎治疗疾病的活性成分，结合本论文说明，它们可能为川芎治疗脑缺血的主要活性成分。本研究将分子对接技术应用于寻找中药有效成分，为从分子水平上研究中药的物质基础及作用机制提供参考。

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第一章 绪论

1.1研究背景

1.2研究现状

1.3研究目的与意义

1.4研究内容

1.5小结

第二章 分子对接原理与方法

2.1分子对接原理

2.2基于分子对接的虚拟筛选

2.3分子对接常用方法

2.4小结

第三章 数据搜集

3.1川芎化学成分搜集

3.2脑缺血相关靶点搜集

3.3小结

第四章 LibDock与AutoDock对接方法优选

4.1 AutoDock概述

4.2 LibDock概述

4.3 LibDock与AutoDock的对接结果比较

4.4小结

第五章 川芎成分的对接及结果分析

5.1靶蛋白活性位点准备

5.2分子对接流程可靠性验证

5.3 川芎化学成分的分子对接

5.4方法验证及结果分析

5.5小结

总结与展望

参考文献

攻读硕士期间发表的论文

附录

致谢