基于GWAS的lncRNA遗传变异与HBV感染结局的关联研究

摘要

目的：分析基于GWAS的lnc-ACACA-1和lnc-RP11-150O12.3.1-1遗传变异对HBV感染结局影响的单独作用及基因-环境交互作用。
　　方法：基于乙肝相关肝癌的全基因组关联研究（genome-wide association study，GWAS）文献，提取与乙肝相关肝癌有显著关联的SNP（single nucleotide polymorphism），根据SNP间的连锁不平衡确定研究区域，在这些区域查找有潜在功能的lncRNA SNP，最终筛选出2个 lncRNA（lnc-ACACA-1和lnc-RP11-150O12.3.1-1）上的7个SNP（rs7221955、rs9891142、rs11776545、rs2275959、rs2298320、rs2298321、rs1008547）。以554例HBV自限清除、552例慢性乙肝患者（chronic hepatitis B patients，CHB）和644例乙肝相关肝癌患者（hepatocellular carcinoma，HCC）为研究对象，采用病例对照研究，应用多分类logistic回归模型与多因子降维法相结合的策略，系统分析单位点、基因-环境交互作用对HBV感染结局的影响。
　　结果：
　　1.在环境因素分析中，吸烟、饮酒、肿瘤家族史均是HBV慢性感染及HBV相关肝癌发病的危险因素（吸烟，OR=7.67，95％CI=5.82-10.12；饮酒，OR=6.24，95%CI=0.19-0.32；肿瘤家族史，OR=4.63，95%CI=3.20-6.73）。
　　2.以HBV自限清除组为对照，CHB组为病例，发现rs7221955和rs9891142与年龄有相乘和相加的交互作用，且年龄大于60岁的个体携带rs7221955 C等位基因或rs9891142 C等位基因可以增加 HBV慢性感染的风险（rs7221955，OR=1.84，95%CI=1.06-3.21；rs9891142，OR=1.78，95%CI=1.03-3.10）。
　　3.以HBV自限清除组为对照，HCC组为病例，发现rs7221955与年龄有相加的交互作用，且年龄大于60岁的个体携带rs7221955 C等位基因或rs9891142 C等位基因可以增加 HBV相关肝癌的发病风险（rs7221955，OR=1.82，95%CI=1.05-3.16；rs9891142，OR=1.80，95%CI=1.04-3.10），同时携带CC单体型也可增加HBV相关肝癌的发病风险（OR=1.32，95%CI=1.02-1.70）。
　　4.以CHB组为对照，HCC组为病例，发现rs11776545、rs2275959、rs1008547与肿瘤家族史有相乘和相加的交互作用，且有饮酒的个体携带三个位点的突变等位基因可以降低 HBV相关肝癌的发病风险（rs11776545，OR=0.61，95%CI=0.38-0.96；rs2275959，OR=0.60，95%CI=0.38-0.94；rs2275959，OR=0.63，95%CI=0.40-0.99）。
　　5.以HBV自限清除组为对照，CHB/HCC组为病例，发现rs7221955和rs9891142与年龄有相乘的交互作用，且年龄大于60岁的个体携带 rs7221955 C等位基因或rs9891142C等位基因可以增加 HBV慢性感染的风险（rs7221955， OR=1.82，95%CI=1.12-2.96；rs9891142，OR=1.78，95%CI=1.10-2.89）。
　　结论：
　　1.吸烟、饮酒及肿瘤家族史可以增加HBV慢性感染及HBV相关肝癌发病的风险。
　　2.在年龄大于60岁的个体中，携带lnc-ACACA-1上的rs7221955C或rs9891142C等位基因可以增加HBV慢性感染及HBV相关肝癌发病的风险，且携带CC单体型可以增加HBV相关肝癌发病的风险。
　　3.在饮酒者中，携带lnc-RP11-150O12.3.1-1上的rs11776545 A、rs227595A及rs1008547 A等位基因可以降低HBV相关肝癌的发病风险。

目录

声明

1 引言

课题研究思路

2 材料与方法

2.1 研究对象

2.2 资料的收集

2.3 检验效能的估计

2.4标本采集和DNA的提取

2.5候选SNP的挑选

2.7 基因分型

2.8统计分析

3 结果

3.1研究对象的一般情况

3.2环境因素与HBV感染结局的关联分析

3.3 SNP基因型分布情况

3.4 lncRNA遗传变异与HBV感染结局的关联分析

3.5 单位点与环境因素两两交互作用对HBV感染结局的影响

3.6基因-环境多维交互作用的MDR分析

3.7lncRNA单倍型与HBV感染结局的关联研究

3.8lncRNA遗传变异与肝癌患者的特征关联研究

4 讨论

4.1 环境因素与HBV感染结局的关联

4.2 与HBV感染结局有关联的遗传研究

4.3 Lnc-ACACA-1遗传变异与HBV感染结局的关联

4.4 lnc-RP11-150O12.3.1-1遗传变异与HBV感染结局的关联

4.5 本研究的创新点和局限性

结论

参考文献

综述:基于GWAS的lncRNA遗传变异与乙肝相关肝癌发病风险的研究现状

攻读学位期间发表的论文

致谢