应用微卫星DNA分析甘肃马鹿遗传多样性及其与青海马鹿的亲缘关系

摘要

本研究应用微卫星DNA遗传标记技术，对5个马鹿群体（甘肃马鹿群体、青海马鹿群体、天青F1马鹿群体、天青F2马鹿群体和塔甘F1马鹿群体）170个个体的基因组DNA进行扩增、检测；分析了各基因位点等位基因大小及频率，计算了杂合度（He）、多态信息含量（PIC）、Nei氏遗传距离（DA）和Nei氏标准遗传距离（Ds），采用非加权组对算术平均法（UPGMA）和邻近结合法（NJ）构建了系统发育树，并对5个马鹿群体的8个微卫星座位的基因频率主成分进行了分析；对甘肃马鹿的遗传多样性以及与青海马鹿间的亲缘关系进行了研究，结果表明：10对微卫星引物在5个马鹿群体170个个体的基因组DNA中共有8个微卫星座位扩增出特异性条带，分别是BM203、BM888、BMS1248、TGLA226、BM1818、BM3628、BMC1009和BM1225；BM2320和MAF70没有扩增出目的片段。8对微卫星引物在170个马鹿个体基因组DNA中共检测出72个等位基因，平均每个座位的等位基因数为9个；数目最多的座位是BM888和BMC1009，为12个；数目最少的座位是TGLA226，为5个。8个微卫星座位在甘肃马鹿和青海马鹿群体中的平均等位基因频率分布相近，其中有7个座位具有相同的优势等位基因。甘肃马鹿在8个微卫星座位上的平均基因杂合度为0．7948，平均多态信息含量为0．7566。甘肃马鹿与青海马鹿的DA遗传距离和Ds遗传距离相对于本研究中其他马鹿群体都最近，分别为0．0464和0．0227。聚类分析中甘肃马鹿与青海马鹿首先聚为一类；在主成分分析中，相对于本研究的其他三个马鹿群体具有更加相近的主要成分。本研究所涉及的甘肃马鹿群体具有较高的杂合度和多态信息含量，具有丰富的遗传多样性，遗传潜力大。其中8个微卫星位点在甘肃马鹿中均具有较高的多态性，可作为有效的分子标记运用于马鹿遗传多样性分析。甘肃马鹿与青海马鹿在分子水平上的分化不显著，遗传分化程度相对较低。仅从本研究结果来看，从微卫星角度分析，甘肃马鹿与青海马鹿有比较近的亲缘关系。

目录

文摘

英文文摘

声明

第一部分文献综述

1鹿的分类及马鹿资源概况

1.1鹿的分类及分布

1.2马鹿资源概况

2微卫星标记

2.1微卫星标记的概念以及结构特点

2.2微卫星标记的研究方法

3微卫星标记在鹿遗传分析上的研究现状

3.1构建基因组连锁图谱

3.2 QTL连锁分析

3.3群体遗传结构分析及杂种优势的预测

3.4评估遗传多样性

3.5家系鉴定

4甘肃马鹿和青海马鹿亲缘关系的研究现状

5本研究的目的和意义

第二部分材料与方法

1材料

1.1样本的采集

1.2主要仪器设备

1.3主要试剂与药品

2方法

2.1基因组DNA的提取

2.2基因组DNA的琼脂糖电泳检测

2.3微卫星引物的选择

2.4 PCR反应体系及条件

2.5 PCR产物的检测

2.6统计分析

第三部分结果分析与讨论

1结果与分析

1.1琼脂糖凝胶电泳检测

1.2聚丙烯酰胺凝胶电泳检测

1.3甘肃马鹿群体内的遗传变异

1.4群体间的遗传距离

1.5聚类分析

1.6主成分分析

2讨论

2.1微卫星微点的选择和试验群体大小

2.2系统发育树的构建方法

2.3甘肃马鹿群体内遗传多样性

2.4甘肃马鹿与青海马鹿的亲缘关系

3小结

第四部分结论

致 谢

参考文献

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