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Using Simulated Annealing to Declutter Genome Visualizations

机译:使用模拟退火来整理基因组可视化

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摘要

AccuSyn is an interactive browser that visualizes conserved synteny relations (similar features) in genomes, giving biologists insights into the evolutionary history and functional relationships between genes. Even simple organisms have huge numbers of genomic features, and raw synteny plots present a daunting clutter of connections of which to make sense. Using a mixed initiative approach, AccuSyn integrates simulated annealing, a well-known metaheuristic for optimization problems, with human interventions to offer non-experts a way to automate decluttering, eliminating a tedious manual bottleneck in the discovery of syntenic information. AccuSyn has since been deployed online to a world user community.
机译:AccuSyn是一个互动浏览器,可视化基因组中的保守的同族关系(类似特征),使生物学家洞察进化历史和基因之间的功能关系。 即使是简单的生物也有大量的基因组特征,并且原始的同宿地图具有令人生意的联系令人生意的杂乱。 使用混合倡议方法,AccuSyn集成了模拟退火,一个众所周知的成分态,用于优化问题,具有人类干预,为非专家提供自动化的方法,消除了同步信息发现的繁琐的手动瓶颈。 由于已在线部署到世界用户社区以来。

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