密度汎関数法プログラムProteinDFの並列化: 大規模クラスタでの分散並列処理を目指した改良

摘要

生体内で重要な働きをするタンパク質は多くの原子からなる生体高分子であり、基本骨格を作る20種類のアミノ酸以外に、ヘムゃクロロフィルに代表されるような色素分子が複雑に入り込hでそれぞれのタンパク質固有の機能を発現している。タンパク質の機能を電子レベルで解明するためには、タンパク質全体を分子として扱うことができ、かつ多くの色素に含まれる金属もアミノ酸残基と同程度の精度で求めることができる理論的解析手法であることが望ましい。