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A Parallel Multi-Core Team of Multiobjective Evolutionary Algorithms to Discover DNA Motifs

机译:多目标进化算法的并行多核团队发现DNA图案。

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摘要

This paper proposes the use of a parallel multi-core team to exploit the characteristics of several algorithms, when solving one of the best known biological problems, the Motif Discovery Problem (MDP). Often, when we solve an optimization problem, we have to tackle very different scenarios. This complicates finding a single technique or algorithm that will be able to solve all of them adequately. One possible solution to this problem is to combine different algorithms in a team that allows us to solve all scenarios. A parallel methodology is designed in this work, which combines the operation of four multiobjective evolutionary algorithms by using OpenMP to solve different motif discovery scenarios. Our conclusions show that our parallel multi-core team is quite flexible and accurate for this application, and an important tool for discovering relevant DNA motifs.
机译:本文提出了在解决最著名的生物学问题之一,主题发现问题(MDP)时,使用多核并行小组来利用几种算法的特性。通常,当我们解决优化问题时,我们必须解决非常不同的情况。这使找到能够充分解决所有问题的单一技术或算法变得复杂。解决此问题的一种可能方案是将不同算法组合在一起,使我们能够解决所有情况。在这项工作中设计了一种并行方法,该方法通过使用OpenMP解决了不同的图案发现场景,结合了四种多目标进化算法的操作。我们的结论表明,我们的并行多核团队对此应用程序非常灵活且准确,是发现相关DNA图案的重要工具。

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