2014年云南省禽流感H5N1亚型病毒进化分析

摘要

本文为了解病毒全基因变异特征及遗传进化关系,在云南通海、安宁采集死亡家禽喉气管20份,经禽流感H5N1亚型病毒特异性多重RT-PCR检测,对阳性样品进行病毒全基因扩增、克隆和测序,并与已知参考毒株序列进行序列比对及系统发育分析.结果从阳性样品病毒获得全基因序列4个,均属于2.3.4.4进化小分支.HA基因与其他基因呈现不同进化关系,HA基因受体结合位点和表位关键性氨基酸位点存在变异,新增加2个糖基化位点;NA基因缺失4个糖基化位点;PB2基因aa627为谷氨酸(E);NS基因在aa80-aa84发生缺失;PB1、PA、NP、M关键性氨基酸位点均存在部分替代或突变.禽流感H5N1亚型间具有遗传差异,进化小分支2.3.4.4已成为当地流行的优势毒株.